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万見
- PDB-1jep: Chalcone Isomerase Complexed with 4'-hydroxyflavanone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jep
タイトルChalcone Isomerase Complexed with 4'-hydroxyflavanone
要素CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
キーワードISOMERASE / open-faced beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone isomerase / chalcone isomerase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A ...Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / Chalcone--flavanone isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jez, J.M. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Reaction mechanism of chalcone isomerase. pH dependence, diffusion control, and product binding differences.
著者: Jez, J.M. / Noel, J.P.
履歴
登録2001年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6639
ポリマ－47,7022
非ポリマー9617
水5,999333
1
A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3805
ポリマ－23,8511
非ポリマー5284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2844
ポリマ－23,8511
非ポリマー4323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子

A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,32718
ポリマ－95,4054
非ポリマー1,92214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area9640 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area33070 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
5
A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子

A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,75910
ポリマ－47,7022
非ポリマー1,0578
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3580 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.664, 89.664, 351.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1 / CHALCONE ISOMERASE 1


分子量: 23851.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
プラスミド: pHIS8(modified pET28b) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28012, chalcone isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DFL / 2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / 4'-HYDROXYFLAVANONE / (S)-2α-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ジヒドロ-4H-1-ベンゾピラン-4-オン


分子量: 240.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.19 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: glycerol, ammonium sulfate, PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→75.8 Å / Num. all: 50458 / Num. obs: 49786 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2434 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: chi apoenzyme

解像度: 2.1→75.8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 2430 -random
Rwork0.206 ---
all-50055 --
obs-49462 98.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→75.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 61 333 3614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.9531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.1052
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.8442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.3482.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dfl.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4sul.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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