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万見
- PDB-1je4: Solution structure of the monomeric variant of the chemokine MIP-1beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1je4
タイトルSolution structure of the monomeric variant of the chemokine MIP-1beta
要素macrophage inflammatory protein 1-beta
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / MIP-1beta / chemokine / macrophage inflammatory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR5 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity ...CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR5 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / establishment or maintenance of cell polarity / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / negative regulation by host of viral transcription / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of calcium-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / cytokine activity / response to virus / response to toxic substance / cellular response to type II interferon / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / The initial fold was obtained by distance geometry, further refined by simulated annealing.
Model type detailsminimized average
データ登録者Kim, S. / Jao, S. / Laurence, J.S. / LiWang, P.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structural comparison of monomeric variants of the chemokine MIP-1beta having differing ability to bind the receptor CCR5.
著者: Kim, S. / Jao, S. / Laurence, J.S. / LiWang, P.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: CC chemokine MIP-1beta can function as a monomer and depends on Phe13 for receptor binding
著者: Laurence, J.S. / Blanpain, C. / Burgner, J.W. / Parmentier, M. / LiWang, P.J.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: High-resolution solution structure of the beta chemokine hMIP-1beta by multidimensional NMR
著者: Lodi, P.J. / Garrett, D.S. / Kuszewski, J. / Tsang, M.L. / Weatherbee, J.A. / Leonard, W.J. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録2001年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: macrophage inflammatory protein 1-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7491
ポリマ－7,7491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 macrophage inflammatory protein 1-beta / MIP-1beta / T-CELL ACTIVATION PROTEIN 2 / ACT-2 / LYMPHOCYTE ACTIVATION GENE-1 PROTEIN / LAG-1


分子量: 7748.646 Da / 分子数: 1 / 変異: F13A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET32 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P13236

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 3D 15N or 13C edited NMR experiments.

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試料調製

詳細内容: 1-2mM MIP-1b F13A U-15N, 13C; 20mM Na-phosphate buffer
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 20mM sodium phosphate / pH: 2.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio解析
CNS1Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: The initial fold was obtained by distance geometry, further refined by simulated annealing.
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total 940 restraints, 851 distance constraints, 69 dihedral angle restraints, 20 distance restraints for 10 hydrogen bonds.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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