[日本語] English
万見
- PDB-1jdn: Crystal Structure of Hormone Receptor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jdn
タイトルCrystal Structure of Hormone Receptor
要素ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE CLEARANCE RECEPTOR
キーワードSIGNALING PROTEIN / Natriuretic peptide receptor / dimer / allosteric activation
機能・相同性
機能・相同性情報


osteoclast proliferation / natriuretic peptide receptor activity / hormone binding / regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of urine volume / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / chloride ion binding / peptide hormone binding / blood vessel remodeling ...osteoclast proliferation / natriuretic peptide receptor activity / hormone binding / regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of urine volume / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / chloride ion binding / peptide hormone binding / blood vessel remodeling / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / peptide binding / response to ischemia / skeletal system development / regulation of blood pressure / angiogenesis / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Atrial natriuretic peptide receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者He, X.-L. / Chow, D.-C. / Martick, M.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Allosteric activation of a spring-loaded natriuretic peptide receptor dimer by hormone.
著者: He, X.l. / Chow, D.c. / Martick, M.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2001年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE CLEARANCE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5815
ポリマ－49,5421
非ポリマー2,0394
水00
1
A: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE CLEARANCE RECEPTOR
ヘテロ分子

A: ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE CLEARANCE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,16110
ポリマ－99,0842
非ポリマー4,0778
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
単位格子
Length a, b, c (Å)217.189, 217.189, 130.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -y, -x, -z+5/6.

-
要素

#1: タンパク質 ATRIAL NATRIURETIC PEPTIDE CLEARANCE RECEPTOR / NPR-C


分子量: 49541.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRMHa3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: P17342
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpa1-4[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-4-3-3/a4-b1_b4-c1_c4-d1_c6-f1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: potassium sodium phosphate, lithium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: other
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.5 M / 一般名: sodium potassium phosphate / 詳細: or potassium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 43722 / Num. obs: 43722 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 86.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 217841
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.435

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The complex of this receptor with hormone being processed presently.

解像度: 2.9→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 2180 -Random
Rwork0.243 ---
all-43722 --
obs-43722 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.15 Å213.77 Å20 Å2
2--12.15 Å20 Å2
3----24.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3230 0 134 0 3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 170 -
Rwork0.367 --
obs-3291 98.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.243
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 65.8 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / Rfactor Rfree: 0.389 / Rfactor Rwork: 0.367

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る