PDB-1jdm: NMR Structure of Sarcolipin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jdm

タイトル

NMR Structure of Sarcolipin

要素

Sarcolipin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Helix

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein depolymerization / regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of relaxation of muscle / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion import / negative regulation of protein-containing complex disassembly / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / regulation of calcium ion transport / Ion transport by P-type ATPases ...
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Veglia, G. / Mascioni, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure and orientation of sarcolipin in lipid environments.
著者: Mascioni, A. / Karim, C. / Barany, G. / Thomas, D.D. / Veglia, G.

履歴

登録	2001年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jdm.cif.gz	177 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jdm.ent.gz	146.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jdm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jdm_validation.pdf.gz	334.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jdm_full_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示
XML形式データ	1jdm_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	1jdm_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jdm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r7d-d 4l67-2 2ls3-d 2ajn-d 1r02-d 1bwx-d 3hf0-d 2kit-d 2leu-d 6gif-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sarcolipin

3.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	16 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #7	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Sarcolipin 分子量: 3763.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in Homo sapiens (humans). 参照: UniProt: O00631

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	TOCSY

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試料調製

詳細	内容: 0.7 mM Sarcolipin; 20mM phosphate buffer; 600 mM SDS; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 20 mM sodium phosphate / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 323 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	1.8	Delaglio	解析
Sparky	3.98	Thomas, J.	データ解析
CNS	1	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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