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- PDB-1jdb: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jdb
タイトルCARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素(CARBAMOYL PHOSPHATE ...) x 2
キーワードLIGASE / AMIDOTRANSFERASE / SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process ...carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / : / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit ...Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / : / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Rossmann fold - #20 / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GLUTAMINE / : / : / TETRAETHYLAMMONIUM ION / L-ornithine / PHOSPHATE ION / Carbamoyl-phosphate synthase small chain / Carbamoyl phosphate synthase large chain / Carbamoyl phosphate synthase small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Wesenberg, G. / Raushel, F.M. / Rayment, I.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: The structure of carbamoyl phosphate synthetase determined to 2.1 A resolution.
著者: Thoden, J.B. / Raushel, F.M. / Benning, M.M. / Rayment, I. / Holden, H.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structure of Carbamoyl Phosphate Synthetase: A Journey of 96 a from Substrate to Product
著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Wesenberg, G. / Raushel, F.M. / Rayment, I.
履歴
登録1997年3月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
C: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
E: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
F: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
H: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
I: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
K: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
L: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)647,383115
ポリマ－637,8518
非ポリマー9,532107
水87,4994857
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
C: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,80328
ポリマ－159,4632
非ポリマー2,34126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area47300 Å2
手法PISA, PQS
3
H: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
I: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,76427
ポリマ－159,4632
非ポリマー2,30225
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area47580 Å2
手法PISA, PQS
4
K: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
L: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,93730
ポリマ－159,4632
非ポリマー2,47528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area47650 Å2
手法PISA, PQS
5
E: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
F: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,87830
ポリマ－159,4632
非ポリマー2,41528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area47020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)143.800, 167.700, 323.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99134, -0.001972, 0.131303), (-0.003915, -0.999887, 0.014538), (0.13126, -0.014926, -0.991236)0.55268, 95.47849, 15.74338
2given(-0.989687, 0.042261, -0.136871), (0.112782, -0.35921, -0.926417), (-0.088317, -0.932299, 0.350739)108.71375, 69.4916, 57.1515
3given(-0.99754, 0.019513, -0.067328), (-0.055814, 0.360007, 0.931279), (0.042411, 0.932746, -0.358032)111.11224, 22.74961, -31.90683
4given(0.991231, -0.029949, 0.128703), (-0.028363, -0.999498, -0.014133), (0.129062, 0.010359, -0.991582)3.10394, 94.83478, 13.90623
5given(-0.984436, 0.142048, -0.103478), (0.052375, -0.324916, -0.944292), (-0.167757, -0.935014, 0.312419)103.51321, 68.61298, 58.95157
6given(-0.994737, 0.061789, -0.081734), (-0.058385, 0.313703, 0.947725), (0.084199, 0.947509, -0.308444)105.95749, 27.77397, -31.96624

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要素

-
CARBAMOYL PHOSPHATE ... , 2種, 8分子 BEHKCFIL

#1: タンパク質
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE


分子量: 117981.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: タンパク質
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE


分子量: 41480.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00907, UniProt: P0A6F1*PLUS, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)

-
非ポリマー , 9種, 4964分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#8: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#10: 化合物
ChemComp-NET / TETRAETHYLAMMONIUM ION / テトラエチルアンモニウム


分子量: 130.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H20N
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7.4
詳細: 0.65M TETRAETHYL AMMONIUM CHLORIDE (E4NCL) 8% PEG 8000 100MM KCL 2.5MM MNCL2 2.5MM ADP 2.5MM ORNITHINE 25MM HEPES PH 7.4. THE CRYSTAL WAS SOAKED INTO: 1.4M E4NCL 8% PEG 8000 250MM KCL 2.5MM ...詳細: 0.65M TETRAETHYL AMMONIUM CHLORIDE (E4NCL) 8% PEG 8000 100MM KCL 2.5MM MNCL2 2.5MM ADP 2.5MM ORNITHINE 25MM HEPES PH 7.4. THE CRYSTAL WAS SOAKED INTO: 1.4M E4NCL 8% PEG 8000 250MM KCL 2.5MM MNCL2 2.5MM ADP 2.5MM ORNITHINE 25MM GLUTAMINE 25MM HEPES PH 7.4 7.5% ETHYLENE GLYCOL.
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mM11KCl
20.5 mML-ornithine11
30.5 mM11MnCl2
42.5 mMADP11
58 %PEG800011
60.65 Mtetraethylammonium chloride11
712.5 mMHEPPS11

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 404724 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.203 / % possible all: 73
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73 % / Num. unique obs: 32559

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
TNT精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JDB

1jdb


解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射
Rwork0.179 --
all-404724 -
obs-404724 90 %
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 556 Å2 / ksol: 1.027 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44220 0 487 4857 49564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011455698.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.616143010
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.6274700
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.004122240
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.009660270
X-RAY DIFFRACTIONt_it500497360
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.034805
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.60
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0970

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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