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- PDB-1jcy: Aquifex aeolicus KDO8P synthase in complex with R5P, PEP and Cadmium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jcy
タイトルAquifex aeolicus KDO8P synthase in complex with R5P, PEP and Cadmium
要素2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
キーワードLYASE / kdo8ps / kdo8p / kdo / R5P / PEP / beta/alpha barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide biosynthetic process / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHPS class-I core TIM-barrel domain profile. / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / PHOSPHATE ION / RIBOSE-5-PHOSPHATE / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, J. / Duewel, H.S. / Woodard, R.W. / Gatti, D.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structures of Aquifex aeolicus KDO8P synthase in complex with R5P and PEP, and with a bisubstrate inhibitor: role of active site water in catalysis.
著者: Wang, J. / Duewel, H.S. / Woodard, R.W. / Gatti, D.L.
履歴
登録2001年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4358
ポリマ－59,5492
非ポリマー8866
水3,621201
1
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,87016
ポリマ－119,0984
非ポリマー1,77212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area16810 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.316, 84.316, 159.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chain A and chain B and their symmetry partners generated by application of the symmetry operation (x=y, y=x, z=-z)

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE / KDO8P SYNTHASE / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYOCTONATE ALDOLASE / 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC ACID 8- ...KDO8P SYNTHASE / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYOCTONATE ALDOLASE / 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC ACID 8-PHOSPHATE SYNTHETASE / KDO-8-PHOSPHATE SYNTHETASE


分子量: 29774.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pAakdsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66496, EC: 4.1.2.16
#2: 糖 ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P

-
非ポリマー , 4種, 206分子

#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE


分子量: 168.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 100 mM Na-acetate, 6% PEG 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 詳細: Duewel, H.S., (2001) J. Biol. Chem., 276, 8393.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlenzyme1drop
2100 mMsodium acetate1reservoir
35-6 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→27 Å / Num. all: 419681 / Num. obs: 419681 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å
反射
*PLUS
最低解像度: 27 Å / Num. obs: 46090 / Num. measured all: 419681

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→27 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 728459.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 4658 10.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all-419681 --
obs-419681 87.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.21 Å2 / ksol: 0.3591 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.51 Å25.05 Å20 Å2
2--4.51 Å20 Å2
3----9.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4078 0 41 201 4320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 590 10.2 %
Rwork0.376 5205 -
obs--67.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4r5p_pep_mimo.paramr5p_pep_mimo.toph
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 27 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 36.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.4 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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