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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jck | ||||||
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タイトル | T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN COMPLEXED WITH SEC3 SUPERANTIGEN | ||||||
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![]() | COMPLEX (TOXIN/RECEPTOR) / T-CELL / RECEPTOR / TRANSMEMBRANE / GLYCOPROTEIN / ENTEROTOXIN / TOXIN / SUPERANTIGEN / COMPLEX (TOXIN-RECEPTOR) / COMPLEX (TOXIN-RECEPTOR) complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fields, B.A. / Mariuzza, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a T-cell receptor beta-chain complexed with a superantigen. 著者: Fields, B.A. / Malchiodi, E.L. / Li, H. / Ysern, X. / Stauffacher, C.V. / Schlievert, P.M. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Beta Chain of a T Cell Antigen Receptor 著者: Bentley, G.A. / Boulot, G. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A. #2: ![]() タイトル: Superantigen Binding to a T Cell Receptor Beta Chain of Known Three-Dimensional Structure 著者: Malchiodi, E.L. / Eisenstein, E. / Fields, B.A. / Ohlendorf, D.H. / Schlievert, P.M. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of the V Alpha Domain of a T Cell Antigen Receptor 著者: Fields, B.A. / Ober, B. / Malchiodi, E.L. / Lebedeva, M.I. / Braden, B.C. / Ysern, X. / Kim, J.K. / Shao, X. / Ward, E.S. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given / Matrix: (-1), |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26568.490 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN / 変異: N24Q, N74Q, N121Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27664.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: FRI913 / 発現宿主: ![]() ![]() Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: SOLUTION OF 20% PEG1000, 0.1M MGCL2, 0.025% AGAROSE, 0.1M TRIS-HCL PH 6.5 MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PROTEIN SOLUTION (10MG/ML IN 20MM TRIS-HCL, 25MM NACL, PH 7.5). HANGING DROP METHOD., ...詳細: SOLUTION OF 20% PEG1000, 0.1M MGCL2, 0.025% AGAROSE, 0.1M TRIS-HCL PH 6.5 MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PROTEIN SOLUTION (10MG/ML IN 20MM TRIS-HCL, 25MM NACL, PH 7.5). HANGING DROP METHOD., vapor diffusion - hanging drop PH範囲: 6.5-7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月14日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 11314 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 81.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 57553 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: CRYSTAL STRUCTURES OF SEC3 AND TCR BETA 解像度: 3.5→8 Å / Isotropic thermal model: TWO B-FACTORS PER RESIDUE / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1 詳細: ATOMS ASSIGNED ZERO OCCUPANCY WERE NOT PRESENT IN ELECTRON DENSITY PRESUMABLY BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION. HOWEVER, THESE ATOMS WERE LOCATED IN THE CRYSTAL STRUCTURES OF THE UNCOMPLEXED ...詳細: ATOMS ASSIGNED ZERO OCCUPANCY WERE NOT PRESENT IN ELECTRON DENSITY PRESUMABLY BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION. HOWEVER, THESE ATOMS WERE LOCATED IN THE CRYSTAL STRUCTURES OF THE UNCOMPLEXED COMPONENTS AND ARE THEREFORE INCLUDED IN THE MODEL.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: STRICT TWO-FOLD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.57 Å / Total num. of bins used: 15
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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