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- PDB-1jck: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN COMPLEXED WITH SEC3 SUPERANTIGEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jck
タイトルT-CELL RECEPTOR BETA CHAIN COMPLEXED WITH SEC3 SUPERANTIGEN
要素
  • 14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR
  • STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C3
キーワードCOMPLEX (TOXIN/RECEPTOR) / T-CELL / RECEPTOR / TRANSMEMBRANE / GLYCOPROTEIN / ENTEROTOXIN / TOXIN / SUPERANTIGEN / COMPLEX (TOXIN-RECEPTOR) / COMPLEX (TOXIN-RECEPTOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Enterotoxin type C-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Fields, B.A. / Mariuzza, R.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a T-cell receptor beta-chain complexed with a superantigen.
著者: Fields, B.A. / Malchiodi, E.L. / Li, H. / Ysern, X. / Stauffacher, C.V. / Schlievert, P.M. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the Beta Chain of a T Cell Antigen Receptor
著者: Bentley, G.A. / Boulot, G. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A.
#2: ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 1995
タイトル: Superantigen Binding to a T Cell Receptor Beta Chain of Known Three-Dimensional Structure
著者: Malchiodi, E.L. / Eisenstein, E. / Fields, B.A. / Ohlendorf, D.H. / Schlievert, P.M. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the V Alpha Domain of a T Cell Antigen Receptor
著者: Fields, B.A. / Ober, B. / Malchiodi, E.L. / Lebedeva, M.I. / Braden, B.C. / Ysern, X. / Kim, J.K. / Shao, X. / Ward, E.S. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録1996年10月22日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR
B: STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C3
C: 14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR
D: STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4654
ポリマ－108,4654
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.400, 87.600, 71.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (-1), (1), (-1) / ベクター: 50.4831, 60.5087)

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要素

#1: タンパク質 14.3.D T CELL ANTIGEN RECEPTOR


分子量: 26568.490 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN / 変異: N24Q, N74Q, N121Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1791255
#2: タンパク質 STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C3 / SEC3


分子量: 27664.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: FRI913 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0L5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SOLUTION OF 20% PEG1000, 0.1M MGCL2, 0.025% AGAROSE, 0.1M TRIS-HCL PH 6.5 MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PROTEIN SOLUTION (10MG/ML IN 20MM TRIS-HCL, 25MM NACL, PH 7.5). HANGING DROP METHOD., ...詳細: SOLUTION OF 20% PEG1000, 0.1M MGCL2, 0.025% AGAROSE, 0.1M TRIS-HCL PH 6.5 MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PROTEIN SOLUTION (10MG/ML IN 20MM TRIS-HCL, 25MM NACL, PH 7.5). HANGING DROP METHOD., vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: 6.5-7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19.5-10.5 %PEG10001drop
20.05 M1dropMgCl2
30.0125 %agarose1drop
40.05 MTris-HCl1drop
55 mg/mlprotain1drop
619-21 %PEG10001reservoir
70.1 M1reservoirMgCl2
80.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月14日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 11314 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 81.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 57553
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL/DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
HKL(DENZO)データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CRYSTAL STRUCTURES OF SEC3 AND TCR BETA

解像度: 3.5→8 Å / Isotropic thermal model: TWO B-FACTORS PER RESIDUE / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1
詳細: ATOMS ASSIGNED ZERO OCCUPANCY WERE NOT PRESENT IN ELECTRON DENSITY PRESUMABLY BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION. HOWEVER, THESE ATOMS WERE LOCATED IN THE CRYSTAL STRUCTURES OF THE UNCOMPLEXED ...詳細: ATOMS ASSIGNED ZERO OCCUPANCY WERE NOT PRESENT IN ELECTRON DENSITY PRESUMABLY BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION. HOWEVER, THESE ATOMS WERE LOCATED IN THE CRYSTAL STRUCTURES OF THE UNCOMPLEXED COMPONENTS AND ARE THEREFORE INCLUDED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 1157 12 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 9604 82.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3770 0 0 0 3770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT TWO-FOLD
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.57 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 74 13 %
Rwork0.285 495 -
obs--73 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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