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万見
- PDB-1jas: HsUbc2b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jas
タイトルHsUbc2b
要素UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA
キーワードLIGASE / ubiquitin conjugation / ubiquitin conjugating enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptonemal complex organization / positive regulation of reciprocal meiotic recombination / chiasma assembly / negative regulation of post-translational protein modification / sperm axoneme assembly / HULC complex / meiotic telomere clustering / XY body / protein K11-linked ubiquitination / postreplication repair ...synaptonemal complex organization / positive regulation of reciprocal meiotic recombination / chiasma assembly / negative regulation of post-translational protein modification / sperm axoneme assembly / HULC complex / meiotic telomere clustering / XY body / protein K11-linked ubiquitination / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / ectopic germ cell programmed cell death / protein K48-linked ubiquitination / response to UV / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / replication fork / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / chromatin organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / DNA repair / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / chromatin / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Miura, T. / Klaus, W. / Ross, A. / Guentert, P. / Senn, H.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2002
タイトル: The NMR structure of the class I human ubiquitin-conjugating enzyme 2b
著者: Miura, T. / Klaus, W. / Ross, A. / Guentert, P. / Senn, H.
履歴
登録2001年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3281
ポリマ－17,3281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA


分子量: 17328.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63146, ubiquitin-protein ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1323D 13C-separated NOESY
1424D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1UL-13C, UL-15N; 75 mM ammonium acetate (deut.), 100 mM ammonium sulphate, pH 6.790% H2O/10% D2O
2UL-13C, 75 mM ammonium acetate (deut.), 100 mM ammonium sulphate, pH 6.7100% D2O
試料状態pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6variouscollection
NMRPipe1.7F. Delaglio解析
DYANA1.65P. Guentert et al構造決定
DYANA1.65P. Guentert et al精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CANDID: automated NOE cross peak assignment
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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