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万見
- PDB-1j9r: Crystal structure of nitrite soaked reduced D98N AFNIR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j9r
タイトルCrystal structure of nitrite soaked reduced D98N AFNIR
要素COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / curpredoxin fold copper nitrite
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like modifier activating enzyme activity
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin biosynthesis, cyclodehydratase domain / Thiazole/oxazole-forming peptide maturase, SagD family component / : / Winged Helix-turn-helix domain / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Ubiquitin-activating enzyme / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase ...Bacteriocin biosynthesis, cyclodehydratase domain / Thiazole/oxazole-forming peptide maturase, SagD family component / : / Winged Helix-turn-helix domain / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Ubiquitin-activating enzyme / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITRITE ION / MusD
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boulanger, M.J. / Murphy, M.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Alternate substrate binding modes to two mutant (D98N and H255N) forms of nitrite reductase from Alcaligenes faecalis S-6: structural model of a transient catalytic intermediate
著者: Boulanger, M.J. / Murphy, M.E.
履歴
登録2001年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
B: COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
C: COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,34315
ポリマ－110,6333
非ポリマー71012
水19,7981099
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13270 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.436, 102.319, 145.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE / CU-NIR


分子量: 36877.664 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 40-376 / 変異: D98N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
株: S-6 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 DE3 / 参照: UniProt: P38501, EC: 1.7.99.3
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1099 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 6000, sodium acetate, sodium nitrite, copper chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 Msodium cacodylate1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir
310-15 %PEG60001reservoir
45 mM1reservoirequimolarCuCl2
55 mMzinc acetate1reservoirequimolar
610 mg/mlprotein1drop
710 mMTris1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月12日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 62966 / Num. obs: 61451 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Mean I/σ(I) obs: 4.25 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / 冗長度: 9.68 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 95.5 % / Num. unique obs: 9867 / Rmerge(I) obs: 0.294

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2694644.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 6233 10.2 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.186 62945 --
obs0.186 61394 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.22 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.47 Å20 Å20 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3----5.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7680 0 18 1099 8797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.222.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 965 9.8 %
Rwork0.222 8859 -
obs--95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM_EH.CUTOPOLOGY_EH.CU
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.012
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.262 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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