ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | | データスケーリング | XDS | | データ削減 | X-PLOR | | モデル構築 | X-PLOR | 3.851 | 精密化 | X-PLOR | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.296 | 510 | 10.7 % | RANDOM |
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Rwork | 0.213 | - | - | - |
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obs | 0.213 | 5577 | 83.8 % | - |
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all | - | 6172 | - | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.41 Å | 0.27 Å |
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Luzzati d res low | - | 3.8 Å |
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Luzzati sigma a | 0.22 Å | 0.29 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1140 | 0 | 5 | 129 | 1274 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d28.2 | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d0.54 | | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it2.49 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it3.88 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it6.25 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it10.62 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 7
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.291 | 67 | 11.9 % |
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Rwork | 0.274 | 498 | - |
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obs | - | - | 70.9 % |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10.7 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.27 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_deg28.2 | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_deg0.54 | | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.291 / % reflection Rfree: 11.9 % / Rfactor Rwork: 0.274 |
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