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- PDB-1j6p: Crystal structure of Metal-dependent hydrolase of cytosinedemania... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j6p
タイトルCrystal structure of Metal-dependent hydrolase of cytosinedemaniase/chlorohydrolase family (TM0936) from Thermotoga maritima at 1.9 A resolution
要素METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF CYTOSINEDEMANIASE/CHLOROHYDROLASE FAMILY
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / TM0936 / JCSG / METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF CYTOSINEDEMANIASE/CHLOROHYDROLASE FAMILY / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylhomocysteine deaminase / S-adenosylhomocysteine deaminase activity / S-methyl-5'-thioadenosine deaminase / 5'-methylthioadenosine deaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deaminase MtaD/DadD / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Deaminase MtaD/DadD / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Metal-dependent hydrolase of cytosinedemaniase/chlorohydrolase family (TM0936) from Thermotoga maritima at 1.9 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2002年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF CYTOSINEDEMANIASE/CHLOROHYDROLASE FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0952
ポリマ－48,0361
非ポリマー591
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF CYTOSINEDEMANIASE/CHLOROHYDROLASE FAMILY
ヘテロ分子

A: METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF CYTOSINEDEMANIASE/CHLOROHYDROLASE FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1904
ポリマ－96,0732
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area4980 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)113.782, 113.782, 81.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF CYTOSINEDEMANIASE/CHLOROHYDROLASE FAMILY


分子量: 48036.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0936 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X034
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 293 K / pH: 9.5
詳細: 10 % PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M CHES pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K, pH 9.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.978932, 0.979224, 0.918370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月28日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9789321
20.9792241
30.918371
反射解像度: 1.91→46.613 Å / Num. obs: 47228 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31.75 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4データ削減
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
CCP4モデル構築
SOLVE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→46.61 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THERE IS A SIGNIFICANT PIECE OF DENSITY THAT HAS NOT BEEN ACCOUNTED FOR IN THE MODEL THAT IS LOCATED IN THE PUTATIVE ACTIVE SITE. IT IS "SANDWICHED" BETWEEN HIS 57 AND MSE 60. IT IS ALSO ...詳細: THERE IS A SIGNIFICANT PIECE OF DENSITY THAT HAS NOT BEEN ACCOUNTED FOR IN THE MODEL THAT IS LOCATED IN THE PUTATIVE ACTIVE SITE. IT IS "SANDWICHED" BETWEEN HIS 57 AND MSE 60. IT IS ALSO WITHIN INTER-ACTION DISTANCE OF A WATER (HOH 14) THAT IS COORDINATED TO THE ACTIVE SITE METAL ION. IT IS NOT YET POSSIBLE TO ASSIGN THE IDENTITY OF THIS/THESE MOLECULES AS THE STRUCTURE IS OF A PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION. FURTHER BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF TM0936 MAY AID IN ELUCIDATING THE NATURE OF THIS DENSITY. THE MODEL SEQUENCE MATCHES THE DATABASE SEQUENCE WITH THE FOLLOWING EXCEPTIONS: RESIDUES -1 AND 0 ARE HIS 5 AND 6 OF THE 6-HIS PURIFICATION TAG. THERE IS NO DENSITY FOR SER406 AND THIS DOES NOT APPEAR IN THE MODEL. PROCHECK IDENTIFIES 3 RESIDUES IN DISFAVORED CONFORMATIONS. HIS 228 (DISALLOWED REGION), ASP 279 AND ASN 285 (GENEROUSLY ALLOWED REGION). HIS 228 AND ASP 279 COORDINATE THE PUTATIVE ACTIVE SITE METAL ION. THE BINDING OF THE ACTIVE SITE METAL ION APPEARS TO INDUCE THESE OTHERWISE UNFAVORABLE GEOMETRIES. ASN 285 IS ON THE PROTEIN SURFACE AT A CRYSTALLOGRAPHIC INTERFACE. PROCHECK ADDITIONALLY IDENTIFIES 1 CIS-PEPTIDE RESIDUE PRO 352 WHICH DOES NOT APPEAR TO BE INVOLVED IN THE ACTIVE SITE. A METAL ION IDENTIFIED AS NICKEL BY FLUORESCENCE SCAN IS COORDINATED IN THE PUTATIVE ACTIVE SITE. AS WITH THE UNIDENTIFIED DENSITY PREVIOUSLY NOTED, IT IS NOT POSSIBLE TO DETERMINE IF THE NICKEL ION IS AN ARTIFACT OF NICKEL-CHELATING PURIFICATION OF TM0936 OR THE NATIVE METAL REQUIRED FOR ACTIVITY AS TM0936 IS A PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION. FURTHER BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF TM0936 MAY AID IN ELUCIDATING THE NATURE OF THIS METAL ION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2359 4.9 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 47228 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT CORRECTION / Bsol: 53.8 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.756 Å21.16 Å20 Å2
2--2.774 Å20 Å2
3----5.53 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.74 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3235 0 1 174 3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.7491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.2152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.7042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.9532.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 265 5.1 %
Rwork0.2327 4845 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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