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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j5w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Glycyl-tRNA synthetase alpha chain (TM0216) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution | ||||||
![]() | Glycyl-tRNA synthetase alpha chain | ||||||
![]() | LIGASE / structural genomics / TM0216 / JCSG / Glycyl-tRNA synthetase alpha chain / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Glycyl-tRNA synthetase alpha chain (TM0216) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35362.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM0216 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 30% (v/v)1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% (v/v)PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月1日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→29.7 Å / Num. obs: 55037 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 29.71 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.611 / % possible all: 93.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: STANDARD CNS DICTIONARY/ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BULK SOLVENT CORRECTION / Bsol: 38.66 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→1.96 Å / Total num. of bins used: 50
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