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万見
- PDB-1j5b: Solution structure of a hydrophobic analogue of the winter flound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j5b
タイトルSolution structure of a hydrophobic analogue of the winter flounder antifreeze protein
要素Antifreeze protein type 1 analogue
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / alpha helix
機能・相同性antifreeze activity / Antifreeze protein, type I / ice binding / extracellular space / identical protein binding / Ice-structuring protein A / Ice-structuring protein A
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Liepinsh, E. / Otting, G. / Harding, M.M. / Ward, L.G. / Mackay, J.P. / Haymet, A.D.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of a hydrophobic analogue of the winter flounder antifreeze protein.
著者: Liepinsh, E. / Otting, G. / Harding, M.M. / Ward, L.G. / Mackay, J.P. / Haymet, A.D.
履歴
登録2002年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年3月27日ID: 1K16
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze protein type 1 analogue


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4671
ポリマ－3,4671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antifreeze protein type 1 analogue


分子量: 3466.874 Da / 分子数: 1 / 変異: T(2,13,24,35)V, A(7,29)K, A(11,33)E / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN PSEUDOPLEURONECTES AMERICANUS (WINTER FLOUNDER).
参照: UniProt: Q7SIC4, UniProt: P04002*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
121DQF-COSY
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-1H ROESY
2522D 1H-1H NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM peptide; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM peptide; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.17ambient 283 K
20.17ambient 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMR2.5Bruker解析
DYANA1.5Guentert精密化
OPAL2.6Lginbuehl精密化
XEASY2.2Bartelsデータ解析
MOLMOL1Koradiデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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