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万見
- PDB-1j42: Crystal Structure of Human DJ-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j42
タイトルCrystal Structure of Human DJ-1
要素RNA-binding protein regulatory subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Parkinson's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization ...positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / methylglyoxal metabolic process / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / mercury ion binding / hydrogen peroxide metabolic process / positive regulation of dopamine biosynthetic process / protein deglycase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / lactate biosynthetic process / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein repair / peptidase inhibitor activity / cellular detoxification of aldehyde / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / negative regulation of protein sumoylation / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / cupric ion binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of androgen receptor signaling pathway / membrane hyperpolarization / oxygen sensor activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / insulin secretion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / nuclear androgen receptor binding / androgen receptor signaling pathway / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / dopamine uptake involved in synaptic transmission / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cuprous ion binding / signaling receptor activator activity / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / adult locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrion organization / adherens junction / enzyme activator activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / Late endosomal microautophagy / PML body / mitochondrial intermembrane space / autophagy / positive regulation of protein localization to nucleus / kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Aggrephagy / synaptic vesicle / glucose homeostasis / peptidase activity / cell body / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / response to oxidative stress / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cha, S.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of human DJ-1 and Escherichia coli Hsp31, which share an evolutionarily conserved domain.
著者: Lee, S.J. / Kim, S.J. / Kim, I.K. / Ko, J. / Jeong, C.S. / Kim, G.H. / Park, C. / Kang, S.O. / Suh, P.G. / Lee, H.S. / Cha, S.S.
履歴
登録2003年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8731
ポリマ－19,8731
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RNA-binding protein regulatory subunit

A: RNA-binding protein regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7462
ポリマ－39,7462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_734y+2,x-2,-z-11
Buried area2510 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.075, 75.075, 75.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein regulatory subunit / DJ-1


分子量: 19873.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99497
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: sodium acetate, EVAPORATION, temperature 295K, pH 4-9, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月10日
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 8696 / Num. obs: 8696 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 298114.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 930 10.7 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 8683 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.4767 Å2 / ksol: 0.382065 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.81 Å24.48 Å20 Å2
2--4.36 Å20 Å2
3----7.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1330 0 0 41 1371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it02.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 130 9.6 %
Rwork0.268 1231 -
obs--95.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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