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万見
- PDB-1j3c: Solution structure of the C-terminal domain of the HMGB2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j3c
タイトルSolution structure of the C-terminal domain of the HMGB2
要素High mobility group protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HMG-BOX
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptosis induced DNA fragmentation / non-sequence-specific DNA binding, bending / spermatid nucleus differentiation / DNA geometric change / regulation of stem cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / supercoiled DNA binding / response to steroid hormone / DNA binding, bending / positive regulation of DNA binding ...Apoptosis induced DNA fragmentation / non-sequence-specific DNA binding, bending / spermatid nucleus differentiation / DNA geometric change / regulation of stem cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / supercoiled DNA binding / response to steroid hormone / DNA binding, bending / positive regulation of DNA binding / transcription factor binding / DNA topological change / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / four-way junction DNA binding / condensed chromosome / double-strand break repair via nonhomologous end joining / male gonad development / chemotaxis / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / defense response to Gram-negative bacterium / DNA recombination / spermatogenesis / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-positive bacterium / protein domain specific binding / innate immune response / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular space / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain ...HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
High mobility group protein B2
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kurita, J. / Shimahara, H. / Yoshida, M. / Tate, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Strucutral comparison of two HMG-boxes in the non-histone protein HMG-2 with in the HMG-1
著者: Kurita, J. / Shimahara, H. / Yoshida, M. / Tate, S.
履歴
登録2003年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High mobility group protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1101
ポリマ－9,1101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 High mobility group protein 2 / High mobility group B2 / HMG2 / HMGB2


分子量: 9109.550 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, B domain / 変異: H22Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET / 参照: UniProt: P17741

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1332D NOESY
142CT-HMQC
254IPAP
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM C-terminal Domain U-15N,13C; 50mM Acetate buffer Na;95% H2O/5% D2O
21mM C-terminal Domain U-15N; 50mM Acetate buffer Na;95% H2O/5% D2O
31mM C-terminal Domain non-label; 50mM Acetate buffer Na100% D2O
41mM C-terminal Domain U-15N; 50mM phosphate buffer Na;87.5% H2O, 5% D2O, 7.5 % bicelle
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
15ambient 298 K
26.4ambient 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.1Nilges構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
NMRPipe2001.157.17.50Delaglio解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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