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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j2w | ||||||
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タイトル | Tetrameric Structure of aldolase from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | Aldolase protein | ||||||
![]() | LYASE / Schiff base / deoxyribose phospahte / carbinolamine / structural genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lokanath, N.K. / Shiromizu, I. / Miyano, M. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of aldolase from Thermus thermophilus HB8 showing the contribution of oligomeric state to thermostability. 著者: Lokanath, N.K. / Shiromizu, I. / Ohshima, N. / Nodake, Y. / Sugahara, M. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / Miyano, M. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23335.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET-11a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.9 詳細: MPD, Tris HCl, magnesium chloride, pH 7.9, MICROBATCH, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.9 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 137192 / Num. obs: 137075 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 14.62 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 137192 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.85 % / Num. measured all: 665297 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Rfactor Rwork: 0.196 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.29 |