[日本語] English
万見
- PDB-1j0y: Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with g... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j0y
タイトルBeta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with glucose
要素Beta-amylase
キーワードHYDROLASE / BETA-AMYLASE / RAW-STARCH BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-amylase / beta-amylase activity / starch binding / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-amylase, CBM20 domain / Glycoside hydrolase, family 14A, bacterial / Beta-amylase active site 2. / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. ...Beta-amylase, CBM20 domain / Glycoside hydrolase, family 14A, bacterial / Beta-amylase active site 2. / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Beta-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Oyama, T. / Miyake, H. / Kusunoki, M. / Nitta, Y.
引用
ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of beta-Amylase from Bacillus cereus var. mycoides in Complexes with Substrate Analogs and Affinity-Labeling Reagents
著者: Oyama, T. / Miyake, H. / Kusunoki, M. / Nitta, Y.
#1: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of beta-Amylase from Bacillus cereus var. mycoides at 2.2 A resolution
著者: Oyama, T. / Kusunoki, M. / Kishimoto, Y. / Takasaki, Y. / Nitta, Y.
#2: ジャーナル: BIOSCI.BIOTECHNOL.BIOCHEM. / 年: 1996
タイトル: Kinetic Study of Active Site Structure of beta-Amylase from Bacillus cereus var. mycoides
著者: Nitta, Y. / Shirakawa, M. / Takasaki, Y.
履歴
登録2002年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-amylase
B: Beta-amylase
C: Beta-amylase
D: Beta-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,31512
ポリマ－233,4344
非ポリマー8818
水11,440635
1
A: Beta-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5793
ポリマ－58,3591
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5793
ポリマ－58,3591
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5793
ポリマ－58,3591
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5793
ポリマ－58,3591
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.900, 112.900, 146.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Beta-amylase / 1 / 4-alpha-D-glucan maltohydrolase


分子量: 58358.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: var. mycoides / 参照: UniProt: P36924, beta-amylase
#2: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Oyama, T., (1998) Protein Pept.Lett., 5, 349.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
250 mMammonium chloride1drop
36-8 %(w/v)PEG60001reservoir
450 mMammonium chloride1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.5 Å / Num. obs: 135775 / % possible obs: 72.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.214 / % possible all: 53.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 冗長度: 1.8 % / Num. measured all: 243229
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.1 % / 冗長度: 1.5 % / Num. unique obs: 12350 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 5BCA

5bca


解像度: 2.1→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 5927 -RANDOM
Rwork0.179 ---
obs-120273 75.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16476 0 52 635 17163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.476
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.025
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.081
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.476
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.025
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.081

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る