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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j0j | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of neopullulanase E357Q complex with maltotetraose | |||||||||
要素 | neopullulanase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-alpha-barrels | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neopullulanase / neopullulanase activity / D-glucose binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hondoh, H. / Kuriki, T. / Matsuura, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Three-dimensional structure and substrate binding of Bacillus stearothermophilus neopullulanase 著者: Hondoh, H. / Kuriki, T. / Matsuura, Y. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Action of neopullulanase. neopullulanase catalyzes both hydrolysis and transglycosylation at alpha-(1,4)- and alpha-(1,6)-glucosidic linkages 著者: Takata, H. / Kuriki, T. / Okada, S. / Takesada, Y. / Iizuka, M. / Minamiura, N. / Imanaka, T. #2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989 タイトル: Pattern of action of Bacillus stearothermophilus neopullulanase on pullulan 著者: Imanaka, T. / Kuriki, T. #3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1988 タイトル: New type of pullulanase from Bacillus stearothermophilus and molecular cloning and expression of the gene in Bacillus subtilis 著者: Kuriki, T. / Okada, S. / Imanaka, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j0j.cif.gz | 255 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j0j.ent.gz | 206.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j0j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1j0j_validation.pdf.gz | 961.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1j0j_full_validation.pdf.gz | 990.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1j0j_validation.xml.gz | 47.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1j0j_validation.cif.gz | 66.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/1j0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/1j0j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer in the assymetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69141.859 Da / 分子数: 2 / 変異: E357Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) プラスミド: pUC129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-1 / 参照: UniProt: P38940, neopullulanase #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, sodium chloride, cacodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月2日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 30357 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 30409 / Num. measured all: 111923 / Rmerge(I) obs: 0.118 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.95 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.313 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.256 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |