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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j0i | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of neopullulanase complex with panose | |||||||||
![]() | neopullulanase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / beta-alpha-barrels | |||||||||
機能・相同性 | ![]() neopullulanase / neopullulanase activity / D-glucose binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hondoh, H. / Kuriki, T. / Matsuura, Y. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure and substrate binding of Bacillus stearothermophilus neopullulanase 著者: Hondoh, H. / Kuriki, T. / Matsuura, Y. #1: ![]() タイトル: Action of neopullulanase. neopullulanase catalyzes both hydrolysis and transglycosylation at alpha-(1,4)- and alpha-(1,6)-glucosidic linkages 著者: Takata, H. / Kuriki, T. / Okada, S. / Takesada, Y. / Iizuka, M. / Minamiura, N. / Imanaka, T. #2: ![]() タイトル: Pattern of action of Bacillus stearothermophilus neopullulanase on pullulan 著者: Imanaka, T. / Kuriki, T. #3: ![]() タイトル: New type of pullulanase from Bacillus stearothermophilus and molecular cloning and expression of the gene in Bacillus subtilis 著者: Kuriki, T. / Okada, S. / Imanaka, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 263 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer in the assymetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69142.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pUC129 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, sodium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月2日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 44860 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / % possible all: 95.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 44904 / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 161431 / Rmerge(I) obs: 0.102 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.53 Å / % possible obs: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.254 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |