PDB-1ixu: Solution structure of marinostatin, a protease inhibitor, contain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ixu

タイトル

Solution structure of marinostatin, a protease inhibitor, containing two ester linkages

要素

marinostatin

キーワード

PROTEIN BINDING / PROTEASE INHIBITOR / ESTER LINKAGE

機能・相同性

Protease inhibitor I10, marinostatin / Serine endopeptidase inhibitors / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Marinostatin-L

機能・相同性情報

生物種

Alteromonas sp. (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Kanaori, K. / Kamei, K. / Koyama, T. / Yasui, T. / Takano, R. / Imada, C. / Tajima, K. / Hara, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Solution structure of marinostatin, a natural ester-linked protein protease inhibitor
著者: Kanaori, K. / Kamei, K. / Taniguchi, M. / Koyama, T. / Yasui, T. / Takano, R. / Imada, C. / Tajima, K. / Hara, S.

履歴

登録	2002年7月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ixu.cif.gz	10.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ixu.ent.gz	5.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ixu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ixu_validation.pdf.gz	313.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ixu_full_validation.pdf.gz	313.7 KB	表示
XML形式データ	1ixu_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	1ixu_validation.cif.gz	1.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: marinostatin

1.42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 50	structures with the lowest violation
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	marinostatin / MstI 分子量: 1419.494 Da / 分子数: 1 / 断片: marinostatin active fragment / 由来タイプ: 天然 / 詳細: marine microorganism / 由来: (天然) Alteromonas sp. (バクテリア) / 株: B-10-31 / 参照: UniProt: P29399
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細	Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1mM Marinostatin / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker ARX / 製造業者: Bruker / モデル: ARX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
UXNMR	9410001.2	collection
Felix	2.3	データ解析
NMRchitect	2	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: There are two ester linkages. One is located between the side-chains of THR 3-ASP 9, the other between SER 8-ASP 11.

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest violation
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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