PDB-1ixt: Structure of a Novel P-Superfamily Spasmodic Conotoxin Reveals an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ixt

タイトル

Structure of a Novel P-Superfamily Spasmodic Conotoxin Reveals an Inhibitory Cystine Knot Motif

要素

spasmodic protein tx9a-like protein

キーワード

TOXIN / conotoxin / P-superfamily / ICK / inhibitory cystine knot / spasmodic / Conus gloriamaris / gm9a / gm9.1

機能・相同性

Spasmodic peptide gm9a / Spasmodic peptide gm9a; conotoxin from Conus species / toxin activity / extracellular region / Conotoxin Gm9.1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / CNS, minimized in water

データ登録者

Miles, L.A. / Dy, C.Y. / Nielsen, J. / Barnham, K.J. / Hinds, M.G. / Olivera, B.M. / Bulaj, G. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of a Novel P-Superfamily Spasmodic Conotoxin Reveals an Inhibitory Cystine Knot Motif
著者: Miles, L.A. / Dy, C.Y. / Nielsen, J. / Barnham, K.J. / Hinds, M.G. / Olivera, B.M. / Bulaj, G. / Norton, R.S.

履歴

登録	2002年7月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ixt.cif.gz	125.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ixt.ent.gz	86.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ixt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mfp-d 1w7z-2 2cco-d 2lo9-d 1ttl-d 6nw8-d 2mm5-d 1w7z-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 60866086 contains Proton chemical shifts

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: spasmodic protein tx9a-like protein

2.81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	spasmodic protein tx9a-like protein 分子量: 2808.098 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-27 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Conus gloriamaris (Eukaryota). 参照: UniProt: Q9GU57
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	E-COSY
1	4	1	TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: gm9a peptide / 溶媒系: 90% H20, 10% D20
試料状態	イオン強度: NA / pH: 5.5 / 圧: 1 atmosphere / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software	名称: XwinNMR / バージョン: 1.3 / 開発者: Bruker / 分類: collection
精密化	手法: CNS, minimized in water / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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