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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ixr | ||||||
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タイトル | RuvA-RuvB complex | ||||||
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![]() | HYDROLASE / heterooligomeric complex / octameric RuvA / AAA-ATPase domain / complex with nucleotide | ||||||
機能・相同性 | ![]() Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamada, K. / Miyata, T. / Tsuchiya, D. / Oyama, T. / Fujiwara, Y. / Ohnishi, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Ariyoshi, M. / Mayanagi, K. / Morikawa, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the RuvA-RuvB Complex: A Structural Basis for the Holliday Junction Migrating Motor Machinery 著者: Yamada, K. / Miyata, T. / Tsuchiya, D. / Oyama, T. / Fujiwara, Y. / Ohnishi, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Ariyoshi, M. / Mayanagi, K. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 721.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 790 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is generated by the 222 crystallographic symmetry at the origin: (-x,-y,z), (x,-y,-z), and (-x,y,-z). |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20441.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ruvA / プラスミド: pTRA127 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 34801.312 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-312 / Mutation: Y309R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ruvB / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ANP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.82 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: NaCl, ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月24日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→44 Å / Num. all: 24710 / Num. obs: 24710 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 28.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 44 Å / Num. measured all: 139789 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.474 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.335 / Rfactor Rwork: 0.268 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.393 / Rfactor Rwork: 0.371 |