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万見
- PDB-1iw8: Crystal Structure of a mutant of acid phosphatase from Escherichi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iw8
タイトルCrystal Structure of a mutant of acid phosphatase from Escherichia blattae (G74D/I153T)
要素acid phosphatase
キーワードHYDROLASE / ALL ALPHA
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Acid phosphatase, class A, bacterial, conserved site / Class A bacterial acid phosphatases signature. / Acid phosphatase, class A, bacterial / Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia blattae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ishikawa, K. / Mihara, Y. / Shimba, N. / Ohtsu, N. / Kawasaki, H. / Suzuki, E. / Asano, Y.
引用
ジャーナル: PROTEIN ENG. / 年: 2002
タイトル: Enhancement of nucleoside phosphorylation activity in an acid phosphatase
著者: Ishikawa, K. / Mihara, Y. / Shimba, N. / Ohtsu, N. / Kawasaki, H. / Suzuki, E. / Asano, Y.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: X-ray structures of a novel acid phosphatase from Escherichia blattae and its complex with the transition-state analog molybdate
著者: Ishikawa, K. / Mihara, Y. / Gondoh, K. / Suzuki, E. / Asano, Y.
履歴
登録2002年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acid phosphatase
B: acid phosphatase
C: acid phosphatase
D: acid phosphatase
E: acid phosphatase
F: acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,05112
ポリマ－150,4746
非ポリマー5766
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12800 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area49440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.800, 168.200, 58.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
acid phosphatase


分子量: 25079.078 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 1-231 / 変異: G74D, I153T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia blattae (バクテリア)
プラスミド: pUC118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9S1A6, acid phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: PEG400, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.0
338 %PEG4001reservoir
420 mMTris-HCl1reservoirpH8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 45889 / Num. obs: 45889 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / % possible all: 91.2
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX2000.1精密化
WEISデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D2T

1d2t


解像度: 2.5→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 2298 -RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.243 45889 --
obs0.243 45889 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9897 0 30 314 10241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.021
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 335 -
Rwork0.338 --
obs-6867 92.4 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 1 / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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