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- PDB-1ivs: CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS VALYL-TRNA SYNTHETASE C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ivs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS VALYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRNA(VAL) AND VALYL-ADENYLATE ANALOGUE
要素
  • Valyl-tRNA synthetase
  • tRNA (Val)
キーワードLIGASE/RNA / Rossmann fold / helix bundle / coiled coil / beta barrel / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / LIGASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


valine-tRNA ligase / valine-tRNA ligase activity / valyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Valyl-trna Synthetase; Chain: A, domain 4 / Valyl-trna Synthetase; Chain: A, domain 4 - #10 / Valyl-tRNA synthetase, C-terminal domain / Valine-tRNA ligase / Valyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Valyl tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Valyl tRNA synthetase tRNA binding arm / Valyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm superfamily / Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain ...Valyl-trna Synthetase; Chain: A, domain 4 / Valyl-trna Synthetase; Chain: A, domain 4 - #10 / Valyl-tRNA synthetase, C-terminal domain / Valine-tRNA ligase / Valyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Valyl tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Valyl tRNA synthetase tRNA binding arm / Valyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm superfamily / Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Helix Hairpins / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[VALINYL]-N'-[ADENOSYL]-DIAMINOSUFONE / RNA / RNA (> 10) / Valine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fukai, S. / Nureki, O. / Sekine, S.-I. / Shimada, A. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: RNA / 年: 2003
タイトル: Mechanism of molecular interactions for tRNA(Val) recognition by valyl-tRNA synthetase
著者: Fukai, S. / Nureki, O. / Sekine, S.-I. / Shimada, A. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: STRUCTURAL BASIS FOR DOUBLE-SIEVE DISCRIMINATION OF L-VALINE FROM L-ISOLEUCINE AND L-THREONINE BY THE COMPLEX OF TRNA(VAL) AND VALYL-TRNA SYNTHETASE
著者: Fukai, S. / Nureki, O. / Sekine, S. / Shimada, A. / Tao, J. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: tRNA (Val)
D: tRNA (Val)
A: Valyl-tRNA synthetase
B: Valyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,0676
ポリマ－246,1784
非ポリマー8892
水3,927218
1
C: tRNA (Val)
A: Valyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5333
ポリマ－123,0892
非ポリマー4441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: tRNA (Val)
B: Valyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5333
ポリマ－123,0892
非ポリマー4441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)411.810, 411.810, 81.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: RNA鎖 tRNA (Val)


分子量: 24174.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: tRNA (Val) with the CAC anticodon
#2: タンパク質 Valyl-tRNA synthetase / Valine-tRNA ligase / ValRS


分子量: 98914.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: valS / プラスミド: pK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P96142, valine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-VAA / N-[VALINYL]-N'-[ADENOSYL]-DIAMINOSUFONE


分子量: 444.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N8O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulfate, Magnesium Sulfate, Cacodylate Na, 1,8-diaminooctane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 詳細: Fukai, S., (2000) Cell (Cambridge,Mass.), 103, 793.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-10 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium cacodylate1drop
31.0 Mammonium sulfate1drop
410 mMmagnesium sulfate1drop
56 %1,8-diaminooctane1drop
650 mMsodium cacodylate1reservoir
72.8 Mammonium sulfate1reservoir
810 mMmagnesium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.708 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.708 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 150310 / Num. obs: 150310 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 56.5 Å2
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / % possible all: 87.9
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.9→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 7532 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 150310 96.5 %-
all-150310 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.6469 Å2 / ksol: 0.297208 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.51 Å20 Å20 Å2
2--8.51 Å20 Å2
3----17.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.8 Å0.77 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13940 3206 60 218 17424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.563
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.24
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.624
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.665
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 1136 5 %
Rwork0.376 21386 -
obs--87.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4VAA.PARVAA.TOP
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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