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万見
- PDB-1iu1: Crystal structure of human gamma1-adaptin ear domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iu1
タイトルCrystal structure of human gamma1-adaptin ear domain
要素gamma1-adaptin
キーワードENDOCYTOSIS / Coated pits
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / cargo adaptor activity / positive regulation of natural killer cell degranulation / small GTPase binding => GO:0031267 / Golgi to lysosome transport / endosome to melanosome transport / AP-1 adaptor complex / Golgi to vacuole transport / GTP-dependent protein binding / clathrin-coated vesicle membrane ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / cargo adaptor activity / positive regulation of natural killer cell degranulation / small GTPase binding => GO:0031267 / Golgi to lysosome transport / endosome to melanosome transport / AP-1 adaptor complex / Golgi to vacuole transport / GTP-dependent protein binding / clathrin-coated vesicle membrane / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / clathrin adaptor activity / melanosome organization / clathrin-coated vesicle / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / kinesin binding / MHC class II antigen presentation / receptor-mediated endocytosis / trans-Golgi network membrane / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Golgi membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily ...Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-1 complex subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nogi, T. / Shiba, Y. / Kawasaki, M. / Shiba, T. / Matsugaki, N. / Igarashi, N. / Suzuki, M. / Kato, R. / Takatsu, H. / Nakayama, K. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structural basis for the accessory protein recruitment by the gamma-adaptin ear domain.
著者: Nogi, T. / Shiba, Y. / Kawasaki, M. / Shiba, T. / Matsugaki, N. / Igarashi, N. / Suzuki, M. / Kato, R. / Takatsu, H. / Nakayama, K. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2002年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gamma1-adaptin
B: gamma1-adaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2712
ポリマ－32,2712
非ポリマー00
水2,378132
1
A: gamma1-adaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1351
ポリマ－16,1351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: gamma1-adaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1351
ポリマ－16,1351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.132, 62.132, 147.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 gamma1-adaptin / adapter-related protein complex 1 gamma 1 subunit


分子量: 16135.265 Da / 分子数: 2 / 断片: ear domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43747
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG4000, magnesium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 %(w/v)PEG40001drop
3200 mM1dropMgCl2
4100 mMHEPES-Na1droppH7.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL44XU20.9
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A30.96, 0.9778, 0.9785
検出器
タイプID検出器日付
OXFORD PX2101CCD2001年9月18日
OXFORD PX2102CCD2001年9月18日
ADSC QUANTUM 43CCD2001年12月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.961
30.97781
40.97851
反射解像度: 1.8→57 Å / Num. all: 27518 / Num. obs: 27518 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 372969 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 2.849 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24764 1363 5 %RANDOM
Rwork0.22649 ---
obs0.22756 26023 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.188 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1898 0 0 132 2030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.9422633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1233241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.20915365
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.3798
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.5255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.59
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8361.51223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6122007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3243713
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0884.5626
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.321 94
Rwork0.269 1884
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.22756 / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.33
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.85 Å / Rfactor Rfree: 0.321 / Rfactor Rwork: 0.269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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