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- PDB-1ist: Crystal structure of yeast cyclophilin A, CPR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ist
タイトルCrystal structure of yeast cyclophilin A, CPR1
要素Cyclophilin A
キーワードISOMERASE / BARREL / Cyclosporin
機能・相同性
機能・相同性情報


Set3 complex / negative regulation of meiotic nuclear division / ascospore formation / positive regulation of meiotic nuclear division / cyclosporin A binding / cellular response to starvation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mitochondrial intermembrane space / protein folding ...Set3 complex / negative regulation of meiotic nuclear division / ascospore formation / positive regulation of meiotic nuclear division / cyclosporin A binding / cellular response to starvation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mitochondrial intermembrane space / protein folding / protein transport / mRNA binding / DNA damage response / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Konno, M. / Kashima, A. / Yoshikawa-Fujioka, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Turns are Essential in the Folding of the Globular Beta-Barrel Structure of Yeast Cyclophilin A, CPR1
著者: Kashima, A. / Yoshikawa-Fujioka, S. / Hayano, T. / Takahashi, N. / Konno, M.
履歴
登録2001年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: software / struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclophilin A
B: Cyclophilin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8232
ポリマ－34,8232
非ポリマー00
水2,270126
1
A: Cyclophilin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4121
ポリマ－17,4121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclophilin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4121
ポリマ－17,4121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.950, 53.110, 32.018
Angle α, β, γ (deg.)84.91, 95.22, 108.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cyclophilin A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 17411.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: AH22 / 参照: UniProt: P14832, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 6000, EDTA, ethanol, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21
検出器
タイプID検出器日付
FUJI1IMAGE PLATE1994年1月1日
FUJI2IMAGE PLATE1993年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 19288 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.0474
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 59.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
WEISデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
WEISデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1851 10 %RANDAM
Rwork0.199 ---
obs0.199 18779 --
原子変位パラメータBiso mean: 22.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2440 0 0 126 2566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.66
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.74
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.990.2812161100.27511485148560
1.99-2.090.2922000.2547177974
2.09-2.220.23442320.2286222090
2.22-2.390.22332520.2111234397
2.39-2.620.22242870.2112238198
2.62-30.21162560.1865239398
3-3.740.16932440.1591230094
3.74-100.21822190.1944202782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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