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万見
- PDB-1ish: Crystal Structure Analysis of BST-1/CD157 complexed with ethenoNADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ish
タイトルCrystal Structure Analysis of BST-1/CD157 complexed with ethenoNADP
要素bone marrow stromal cell antigen 1
キーワードHYDROLASE / ADP ribosyl cyclase / NAD glycohydrolase / cns / ethenoNADP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular extravasation / regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of superoxide metabolic process / regulation of integrin-mediated signaling pathway / phosphorus-oxygen lyase activity / uropod / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Nicotinate metabolism / regulation of cell-matrix adhesion / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase ...regulation of cellular extravasation / regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of superoxide metabolic process / regulation of integrin-mediated signaling pathway / phosphorus-oxygen lyase activity / uropod / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Nicotinate metabolism / regulation of cell-matrix adhesion / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / humoral immune response / specific granule membrane / side of membrane / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of B cell proliferation / regulation of actin cytoskeleton organization / transferase activity / regulation of inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHENO-NADP / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yamamoto-Katayama, S. / Ariyoshi, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Jingami, H. / Morikawa, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystallographic studies on human BST-1/CD157 with ADP-ribosyl cyclase and NAD glycohydrolase activities.
著者: Yamamoto-Katayama, S. / Ariyoshi, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Jingami, H. / Morikawa, K.
#1: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2001
タイトル: Site-directed removal of N-glycosylation sites in BST-1/CD157: effects on molecular and functional heterogeneity.
著者: Yamamoto-Katayama, S. / Sato, A. / Ariyoshi, M. / Suyama, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Nakamura, H. / Morikawa, K. / Jingami, H.
履歴
登録2001年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bone marrow stromal cell antigen 1
B: bone marrow stromal cell antigen 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5206
ポリマ－60,3442
非ポリマー2,1754
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.165, 112.458, 131.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 bone marrow stromal cell antigen 1 / BST-1/CD157 / ADP-ribosyl cyclase 2


分子量: 30172.182 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular region / 変異: N34D, N63T, N116A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q10588, NAD+ glycohydrolase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ENP / ETHENO-NADP


タイプ: RNA linking / 分子量: 663.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N5O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: ammonium sulfate, citrate, ethenoNADP, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
162.5 mMNMN11
237.5 mMATP gammaS11
362.5 mMethenoNADP11
462.5 mMethenoNAD11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.836 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月16日
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 33495 / Num. obs: 33495 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 30.36 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 3.83
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 17.54 / Num. unique all: 3120 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1101107.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2525 7.5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all-33456 --
obs-33456 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.6405 Å2 / ksol: 0.38647 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.81 Å20 Å20 Å2
2---5.58 Å20 Å2
3----9.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4010 0 140 202 4352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.682.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 380 7.6 %
Rwork0.26 4648 -
obs-5028 88.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ETNADPR.PARAMETNADPR.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 39.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.205
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.682.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.305 / % reflection Rfree: 7.6 % / Rfactor Rwork: 0.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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