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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ir2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Activated Ribulose-1,5-bisphosphate Carboxylase/oxygenase (Rubisco) from Green alga, Chlamydomonas reinhardtii Complexed with 2-Carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate (2-CABP) | ||||||
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![]() | LYASE / N-methylmethionine / 4-hydroxyproline / S-methylcysteine / ALPHA/BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast stroma / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mizohata, E. / Matsumura, H. / Okano, Y. / Kumei, M. / Takuma, H. / Onodera, J. / Kato, K. / Shibata, N. / Inoue, T. / Yokota, A. / Kai, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of activated ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from green alga Chlamydomonas reinhardtii complexed with 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate. 著者: Mizohata, E. / Matsumura, H. / Okano, Y. / Kumei, M. / Takuma, H. / Onodera, J. / Kato, K. / Shibata, N. / Inoue, T. / Yokota, A. / Kai, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 5.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 448.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 645.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexadecamer comprised of 8 large and 8 small subunits. Two hexadecamer exist in the asymmetric unit. |
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要素
-タンパク質 , 2種, 32分子 ABCDEFGHSTUVWXYZIJKLMNOP12345678
#1: タンパク質 | 分子量: 52696.840 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 137C mt+ / 参照: UniProt: P00877, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 16310.790 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 137C mt+ / 参照: UniProt: P08475, ribulose-bisphosphate carboxylase |
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-糖 , 1種, 16分子 ![](data/chem/img/CAP.gif)
#4: 糖 | ChemComp-CAP / |
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-非ポリマー , 3種, 10055分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | There is a DIFFERENCE between seqres(PRO46) and sequence database(LEU46) in LARGE SUBUNIT. THERE IS ...There is a DIFFERENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG4000, HEPES-KOH, glycerol, NaHCO3, MgCl2, DTT, 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate (2-CABP), EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2000年6月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→40 Å / Num. obs: 763078 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.229 / Num. unique all: 60785 / % possible all: 72.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 4698187 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID: 1BUR ![]() 1bur 解像度: 1.84→39.89 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.1 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→39.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.84→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.005
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.152 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.1 Å2 | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.245 / Rfactor obs: 0.245 |