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万見
- PDB-1ipp: HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ipp
タイトルHOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
  • INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / HOMING ENDONUCLEASE / INTRON / ZINC / DNA BINDING / PROTEIN FOLDING / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Homing Intron 3 (I-ppo) Encoded Endonuclease; Chain A / Homing Intron 3 (I-Ppo) Encoded Endonuclease; Chain A / Zinc-binding loop region of homing endonuclease / Homing endonuclease, His-Me finger superfamily / Zinc-binding loop region of homing endonuclease / His-Me finger superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Intron-encoded endonuclease I-PpoI
類似検索 - 構成要素
生物種Physarum polycephalum (真核生物)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Flick, K.E. / Jurica, M.S. / Monnat Jr., R.J. / Stoddard, B.L.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: DNA binding and cleavage by the nuclear intron-encoded homing endonuclease I-PpoI.
著者: Flick, K.E. / Jurica, M.S. / Monnat Jr., R.J. / Stoddard, B.L.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of I-Ppoi: A Nuclear, Intron- Encoded Homing Endonuclease from Physarum Polycephalum
著者: Flick, K.E. / Mchugh, D. / Heath, J.D. / Stephens, K.M. / Monnat Jr., R.J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録1998年3月19日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
A: INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI
B: INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,99510
ポリマ－48,4974
非ポリマー4986
水9,854547
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.900, 113.900, 88.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.970715, 0.239393, 0.020068), (0.239758, 0.970659, 0.018334), (-0.01509, 0.022609, -0.99963)
ベクター: 26.7677, -3.8749, 57.6715)

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6437.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI


分子量: 17811.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physarum polycephalum (真核生物) / 細胞内の位置: NUCLEUS / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q94702
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DA 213 IN CHAINS C AND D ARE THE SITES OF ENDONUCLEASE CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, ...詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, PH 5.4 - 5.8; 20 MM NACL, 2 MM EDTA., VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1EDTA11
2SPERMINE11
3NACL11
4SODIUM CITRATE11
5PEG 400011
6PEG 400012
7SODIUM CITRATE12
8NACL12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: DNA:protein solution(in 2:1 ratio) was mixed with an equal volume of reservoir solution
PH range low: 5.6 / PH range high: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13 mg/mlI-PpoI1drop
220 mM1reservoirNaCl
32 mMEDTA1reservoir
40.1 Mcitrate1reservoir
521-27 %PEG40001reservoir
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日 / 詳細: NONE
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 30702 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 4.8 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 19.3 / % possible all: 41
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Num. measured all: 83203
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.24 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 1564 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs-30671 90.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2490 856 6 547 3899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.31 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 85 4.5 %
Rwork0.33 1871 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TIP3P.PARAMETERTIP3P.TOPOLOGY
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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