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- PDB-1im8: Crystal structure of YecO from Haemophilus influenzae (HI0319), a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1im8
タイトルCrystal structure of YecO from Haemophilus influenzae (HI0319), a methyltransferase with a bound S-adenosylhomocysteine
要素YecO
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / adenosylhomocysteine / structural genomics / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / tRNA wobble uridine modification / S-adenosyl-L-methionine binding
類似検索 - 分子機能
Carboxy-S-adenosyl-L-methionine synthase / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOSELENOCYSTEINE / Carboxy-S-adenosyl-L-methionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lim, K. / Zhang, H. / Tempczyk, A. / Bonander, N. / Toedt, J. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of YecO from Haemophilus influenzae (HI0319) reveals a methyltransferase fold and a bound S-adenosylhomocysteine.
著者: Lim, K. / Zhang, H. / Tempczyk, A. / Bonander, N. / Toedt, J. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O.
履歴
登録2001年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YecO
B: YecO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9646
ポリマ－56,0302
非ポリマー9344
水4,270237
1
A: YecO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4823
ポリマ－28,0151
非ポリマー4672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: YecO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4823
ポリマ－28,0151
非ポリマー4672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: YecO
ヘテロ分子

A: YecO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9646
ポリマ－56,0302
非ポリマー9344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
4
B: YecO
ヘテロ分子

B: YecO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9646
ポリマ－56,0302
非ポリマー9344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_675x-y+1,-y+2,-z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.97, 74.97, 319.12
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 YecO / methyltransferase / HYPOTHETICAL PROTEIN HI0319


分子量: 28015.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌)
生物種: Haemophilus influenzae / 株: KW20 / 遺伝子: HI0319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P43985, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SAI / S-ADENOSYL-L-HOMOSELENOCYSTEINE / セレノアデノシルホモシステイン


分子量: 431.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5Se
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 % saturated ammonium sulfate, 100mM NaHepes with protein solution (10mg/ml in 150mM NaCl, 10mM NaHepes, pH 8.0, 1mM DTT and 0.5mM EDTA) , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
2150 mM1dropNaCl
310 mMsodium HEPES1drop
41 mMdithiothreitol1drop
50.5 mMEDTA1drop
620 %satammonium sulfate1reservoir
70.1 Msodium HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9782, 0.9778, 0.9537
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97821
20.97781
30.95371
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 30031 / Num. obs: 30031 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / % possible all: 74.6
反射
*PLUS
Num. obs: 51819 / % possible obs: 93.7 % / Num. measured all: 174537
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.255 1446 random
Rwork0.186 --
all-25465 -
obs-24873 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 0 54 237 3880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rfree: 0.257
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor obs: 0.253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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