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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ih6 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Multi-Conformation Crystal Structure of GGBr5CGCC | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / B to A DNA transition / DNA transition / structural transition | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å | データ登録者 | Vargason, J.M. / Henderson, K. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 | タイトル: A crystallographic map of the transition from B-DNA to A-DNA. 著者: Vargason, J.M. / Henderson, K. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ih6.cif.gz | 69.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ih6.ent.gz | 53.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ih6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ih6_validation.pdf.gz | 391.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ih6_full_validation.pdf.gz | 401.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ih6_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ih6_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ih6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ih6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1889.101 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: magnesium chloride, sodium cacodylate, spermine tetrahydrochloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.92042, 0.92065, 0.90836 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月18日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.45→20 Å / Num. all: 58509 / Num. obs: 58509 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 22 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / % possible all: 99.6 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 628716 / Rmerge(I) obs: 0.11 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.668 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Chad C. Sines for SHELXL 詳細: This structure was solved using data collected at the peak of Bromine absorption. As a result, the structure factors of the unique reflections and bijvoets have been kept separate for ...詳細: This structure was solved using data collected at the peak of Bromine absorption. As a result, the structure factors of the unique reflections and bijvoets have been kept separate for deposition. In addition, the correct calculation for R-factor should take into the account the appropriate scattering factors (f' & f'') at this wavelength.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.138 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |