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- PDB-1ifp: INOVIRUS (FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE) STRAIN PF3 MAJOR COAT PROTEI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ifp
タイトルINOVIRUS (FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE) STRAIN PF3 MAJOR COAT PROTEIN ASSEMBLY
要素MAJOR COAT PROTEIN ASSEMBLY
キーワードVIRUS / VIRUS COAT PROTEIN / Helical virus
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Inovirus Coat protein B / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage Pf3 (ファージ)
手法繊維回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Perham, R.N. / Marvin, D.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the capsid of Pf3 filamentous phage determined from X-ray fibre diffraction data at 3.1 A resolution.
著者: Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Sturtevant, J.M. / Marvin, D.A. / Perham, R.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Pf1 Filamentous Bacteriophage: Refinement of a Molecular Model by Simulated Annealing Using 3.3 A Resolution X-Ray Fibre Diffraction Data
著者: Gonzalez, A. / Nave, C. / Marvin, D.A.
#2: ジャーナル: Phase Transitions / 年: 1992
タイトル: Two Forms of Pf1 Inovirus: X-Ray Diffraction Studies on a Structural Phase Transition and a Calculated Libration Normal Mode of the Asymmetric Unit
著者: Marvin, D.A. / Nave, C. / Bansal, M. / Hale, R.D. / Salje, E.K.H.
#3: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1990
タイトル: Model-Building Studies of Inovirus: Genetic Variations on a Geometric Theme
著者: Marvin, D.A.
#4: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1990
タイトル: Erratum. Model-Building Studies of Inovirus: Genetic Variations on a Geometric Theme
著者: Marvin, D.A.
#5: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1989
タイトル: Dynamics of Telescoping Inovirus: A Mechanism for Assembly at Membrane Adhesions
著者: Marvin, D.A.
履歴
登録1998年1月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR COAT PROTEIN ASSEMBLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6321
ポリマ－4,6321
非ポリマー00
水00
1
A: MAJOR COAT PROTEIN ASSEMBLY
x 35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,13635
ポリマ－162,13635
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation34
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 35 / Rise per n subunits: 2.9 Å / Rotation per n subunits: 65.667 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MAJOR COAT PROTEIN ASSEMBLY / PF3 INOVIRUS


分子量: 4632.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage Pf3 (ファージ) / 属: Inovirus / 株: NEW YORK / 解説: FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P03623

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 30 mg/ml / 一般名: protein

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→60 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
CCP13(LSQINT)データ削減
CCP13-FDSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IFN

1ifn


解像度: 3.1→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / 交差検証法: A POSTERIORI
詳細: MODEL REFINED WITH A VERSION OF X-PLOR 3.1 MODIFIED FOR USE WITH FIBRE DIFFRACTION DATA BY WANG & STUBBS (1993) ACTA CRYST. A49, 504-513.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 211 12.2 %
Rwork0.17 --
obs0.17 1734 -
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数326 0 0 0 326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d16.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT NCS WAS IMPOSED ON THE MODEL THROUGHOUT THE REFINEMENT.
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.43 Å / Total num. of bins used: 4 /
Rfactor反射数
Rwork0.251 112
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg16.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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