PDB-1idv: NMR structure of HCV ires RNA domain IIIC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1idv

タイトル

NMR structure of HCV ires RNA domain IIIC

要素

HEPATITIS C IRES RNA DOMAIN IIIC

キーワード

RNA / Hepatitis C RNA / IRES / Stem-loop / Domain IIIC

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics relaxation matrix analysis

データ登録者

Kaluarachchi, K. / Rijnbrand, R. / Lemon, S.M. / Gorenstein, D.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Mutational and structural analysis of stem-loop IIIC of the hepatitis C virus and GB virus B internal ribosome entry sites
著者: Rijnbrand, R. / Thiviyanathan, V. / Kaluarachchi, K. / Lemon, S.M. / Gorenstein, D.G.

履歴

登録	2001年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1idv.cif.gz	62.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1idv.ent.gz	44.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1idv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1idv_validation.pdf.gz	321.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1idv_full_validation.pdf.gz	370.9 KB	表示
XML形式データ	1idv_validation.xml.gz	5 KB	表示
CIF形式データ	1idv_validation.cif.gz	6.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1idv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1idv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r4hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m1w-d 7mc2-d 2mbd-d 1d32-d 4e0k-1 6e5i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEPATITIS C IRES RNA DOMAIN IIIC

3.21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #10	fewest noe violations

#1: RNA鎖	HEPATITIS C IRES RNA DOMAIN IIIC 分子量: 3207.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthesized by in vitro transcription using T7 RNA polymerase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	2D NOESY
2	3	2	DQF-COSY
2	4	2	2D TOCSY
2	5	2	31P HETERO-TOCSY
2	6	2	1H-13C HSQC

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	10 mM Sodium Phosphate buffer, 10 mM KCl, 0.05 mM EDTA, pH 6.8	90% H2O/10% D2O
2	10 mM Sodium Phosphate buffer, 10 mM KCl, 0.05 mM EDTA, pH 6.8	99.996% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	10 mM KCl	6.8	ambient	283 K
2	10 mM KCl	6.8	ambient	298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	750	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
MORASS	2.51	POST, MEADOWS, LUXON and GORENSTEIN	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics relaxation matrix analysis
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 254 NOE restraints, 12 sugar pucker restraints and 9 hydrogen bonds

代表構造

選択基準: fewest noe violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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