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- PDB-1icy: [ALA31,PRO32]-PNPY BOUND TO DPC MICELLES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1icy
タイトル[ALA31,PRO32]-PNPY BOUND TO DPC MICELLES
要素NEUROPEPTIDE Y神経ペプチドY
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Y5 Receptor selective NPY mutant / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide Y receptor binding / positive regulation of appetite / adult feeding behavior / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / neuronal dense core vesicle / neuropeptide signaling pathway / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-neuropeptide Y
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bader, R. / Rytz, G. / Lerch, M. / Beck-Sickinger, A.G. / Zerbe, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Key motif to gain selectivity at the neuropeptide Y5-receptor: structure and dynamics of micelle-bound [Ala31, Pro32]-NPY.
著者: Bader, R. / Rytz, G. / Lerch, M. / Beck-Sickinger, A.G. / Zerbe, O.
履歴
登録2001年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROPEPTIDE Y


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2131
ポリマ－4,2131
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 100structures with NMR energies less than 3 kcal/mol
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド NEUROPEPTIDE Y / 神経ペプチドY / NPY


分子量: 4212.621 Da / 分子数: 1 / 変異: I31A, T32P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / プラスミド: PUBK19-APNPY-G / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01304

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM 31Ala,32Pro NPY, 300mM DPC, pH=6.0 90%H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM 31Ala,32Pro NPY, 300mM DPC, pH=6.0 99.9%D2O99.9%D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10 6.0 1 atm310 K
20 6.0 1 atm310 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1Bruker解析
XEASY1.53Bartels et alデータ解析
DYANA1.5Guentert et al構造決定
OPAL (AMBER)1.6Lunginbuehl et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 622 NOE cross peaks and 16 HNHA couplings indicative of non-averaged backbone conformations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with NMR energies less than 3 kcal/mol
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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