+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i9z | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE DOMAIN (IPP5C) OF SPSYNAPTOJANIN IN COMPLEX WITH INOSITOL (1,4)-BISPHOSPHATE AND CALCIUM ION | ||||||
![]() | PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE PHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / SpSynaptojanin / IPP5C / IP3 / IP2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() inositol-2,4,5-triphosphate 5-phosphatase activity / inositol-4,5,6-triphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,2,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-2,4,5,6-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,2,4,5,6-pentakisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / inositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Clathrin-mediated endocytosis ...inositol-2,4,5-triphosphate 5-phosphatase activity / inositol-4,5,6-triphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,2,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-2,4,5,6-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,2,4,5,6-pentakisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / inositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / cell tip / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol dephosphorylation / cell division site / protein transport / calcium ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tsujishita, Y. / Guo, S. / Stolz, L. / York, J.D. / Hurley, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Specificity determinants in phosphoinositide dephosphorylation: crystal structure of an archetypal inositol polyphosphate 5-phosphatase. 著者: Tsujishita, Y. / Guo, S. / Stolz, L.E. / York, J.D. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40094.215 Da / 分子数: 1 / 断片: IPP5C DOMAIN, RESIDUES 534-880 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-2IP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 8 詳細: sodium chloride, tris, 2-mercaptoethanol, pH 8.0, MICRODIALYSIS, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→32 Å / % possible obs: 95.6 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.8 Å / Rsym value: 14.5 / % possible all: 82.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 44082 / Num. measured all: 148755 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.4 % / Rmerge(I) obs: 0.145 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 32 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|