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- PDB-1i5e: CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS CALDOLYTICUS URACIL PHOSPHORIBOSYLT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5e
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS CALDOLYTICUS URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE WITH BOUND UMP
要素URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / uracil phosphoribosyltransferase / salvage pathway / bacillus caldolyticus
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / GTP binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Uracil phosphoribosyltransferase, bacterial-type / Uracil phosphoribosyl transferase / Uracil phosphoribosyltransferase / : / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Uracil phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kadziola, A. / Neuhard, J. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of product-bound Bacillus caldolyticus uracil phosphoribosyltransferase confirms ordered sequential substrate binding.
著者: Kadziola, A. / Neuhard, J. / Larsen, S.
履歴
登録2001年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3784
ポリマ－45,7292
非ポリマー6482
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.4, 89.4, 163.7
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / UMP PYROPHOSPHORYLASE


分子量: 22864.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldolyticus (バクテリア)
遺伝子: UPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70881, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, potassium phosphate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
25 mMinorganic phosphate1drop
36-10 %PEG40001reservoir
40.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.888 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. all: 13156 / Num. obs: 13156 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % possible obs: 90.3 % / Num. unique obs: 680 / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→40 Å / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 685 5 %random
Rwork0.223 ---
all-13156 --
obs-13156 85.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.119 Å2-8.932 Å20 Å2
2---10.119 Å20 Å2
3---20.239 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
Luzzati d res low-6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3198 0 42 2 3242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0075
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4254
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1370.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4451
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.991
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.3541.25
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 13 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 48
Rwork0.3199 1028
obs-1224
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.223 / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.331 / Rfactor Rwork: 0.3199 / Rfactor obs: 0.3199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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