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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i2u | ||||||
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タイトル | NMR SOLUTION STRUCTURES OF ANTIFUNGAL HELIOMICIN | ||||||
要素 | DEFENSIN HELIOMICIN | ||||||
キーワード | ANTIFUNGAL PROTEIN / alpha-beta protein / CSab motif (cysteine stabilized alpha-helix beta-sheet motif) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 defense response to fungus / killing of cells of another organism / innate immune response / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Heliothis virescens (蝶・蛾) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics (DYANA), energy minimisation (XPLOR) | ||||||
データ登録者 | Lamberty, M. / Caille, A. / Landon, C. / Tassin-Moindrot, S. / Hetru, C. / Bulet, P. / Vovelle, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Solution structures of the antifungal heliomicin and a selected variant with both antibacterial and antifungal activities. 著者: Lamberty, M. / Caille, A. / Landon, C. / Tassin-Moindrot, S. / Hetru, C. / Bulet, P. / Vovelle, F. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Insect Immunity. Isolation from the Lepidopteran Heliothis virescens of a Novel Insect Defensin with Potent Antifungal Activity 著者: LAMBERTY, M. / ADES, S. / UTTENWEILER-JOSEPH, S. / BROOKHART, G. / BUSHEY, D. / HOFFMANN, J.A. / BULET, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i2u.cif.gz | 226.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i2u.ent.gz | 194.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i2u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i2u_validation.pdf.gz | 355.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i2u_full_validation.pdf.gz | 477.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i2u_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i2u_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/1i2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/1i2u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4796.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / プラスミド: PSEA2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): TGY 48-1 / 参照: UniProt: P81544 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D 1H DQF-COSY; TQF-COSY; TOCSY; NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 4 mM heliomicin ; 40mM sodium acetate buffer / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 40mM sodium acetate buffer / pH: 4.3 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics (DYANA), energy minimisation (XPLOR) ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 130 intra-residue, 163 sequential, 105 medium range, 198 long range NOE-derived distance restraints, 9 distances restraints corresponding to the 3 ...詳細: the structures are based on a total of 130 intra-residue, 163 sequential, 105 medium range, 198 long range NOE-derived distance restraints, 9 distances restraints corresponding to the 3 disulfide bridge, 85 dihedral angle restraints, and 14 distance restraints for hydrogen bonds | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest target function | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the ...コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 18 |