[日本語] English
万見
- PDB-1i2u: NMR SOLUTION STRUCTURES OF ANTIFUNGAL HELIOMICIN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i2u
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURES OF ANTIFUNGAL HELIOMICIN
要素DEFENSIN HELIOMICIN
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / alpha-beta protein / CSab motif (cysteine stabilized alpha-helix beta-sheet motif)
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / killing of cells of another organism / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Invertebrate defensins family profile. / Defensin, invertebrate/fungal / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Defensin heliomicin
類似検索 - 構成要素
生物種Heliothis virescens (蝶・蛾)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics (DYANA), energy minimisation (XPLOR)
データ登録者Lamberty, M. / Caille, A. / Landon, C. / Tassin-Moindrot, S. / Hetru, C. / Bulet, P. / Vovelle, F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structures of the antifungal heliomicin and a selected variant with both antibacterial and antifungal activities.
著者: Lamberty, M. / Caille, A. / Landon, C. / Tassin-Moindrot, S. / Hetru, C. / Bulet, P. / Vovelle, F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Insect Immunity. Isolation from the Lepidopteran Heliothis virescens of a Novel Insect Defensin with Potent Antifungal Activity
著者: LAMBERTY, M. / ADES, S. / UTTENWEILER-JOSEPH, S. / BROOKHART, G. / BUSHEY, D. / HOFFMANN, J.A. / BULET, P.
履歴
登録2001年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DEFENSIN HELIOMICIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7961
ポリマ－4,7961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 40structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデルモデル #1lowest target function

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド DEFENSIN HELIOMICIN


分子量: 4796.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / プラスミド: PSEA2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): TGY 48-1 / 参照: UniProt: P81544
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H DQF-COSY; TQF-COSY; TOCSY; NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細内容: 4 mM heliomicin ; 40mM sodium acetate buffer / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 40mM sodium acetate buffer / pH: 4.3 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
UXNMRcollection
XEASYBartelsデータ解析
DYANAGuentert精密化
X-PLORBrunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics (DYANA), energy minimisation (XPLOR)
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 130 intra-residue, 163 sequential, 105 medium range, 198 long range NOE-derived distance restraints, 9 distances restraints corresponding to the 3 ...詳細: the structures are based on a total of 130 intra-residue, 163 sequential, 105 medium range, 198 long range NOE-derived distance restraints, 9 distances restraints corresponding to the 3 disulfide bridge, 85 dihedral angle restraints, and 14 distance restraints for hydrogen bonds
代表構造選択基準: lowest target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the ...コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 18

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る