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- PDB-1i2l: DEOXYCHORISMATE LYASE FROM ESCHERICHIA COLI WITH INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i2l
タイトルDEOXYCHORISMATE LYASE FROM ESCHERICHIA COLI WITH INHIBITOR
要素4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
キーワードLYASE / PYRIDOXAL PHOSPHATE / AMINODEOXYCHORISMATE / PABC / D-CYCLOSERINE
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / 4-aminobenzoate biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminodeoxychorismate lyase, class IV / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes ...Aminodeoxychorismate lyase, class IV / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DCS / Aminodeoxychorismate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jensen, P.Y. / Parsons, J.F. / Fisher, K.E. / Pachikara, A.S. / Tordova, M. / Howard, A.J. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Mechanism of Escherichia coli Aminodeoxychorismate Lyase
著者: Jensen, P.Y. / Parsons, J.F. / Fisher, K.E. / Pachikara, A.S. / Tordova, M. / Howard, A.J. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E.
履歴
登録2001年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0782
ポリマ－29,7451
非ポリマー3331
水2,558142
1
A: 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
ヘテロ分子

A: 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1574
ポリマ－59,4902
非ポリマー6662
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.494, 72.060, 81.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The second chain in the dimer is generated by the crystal two fold: Use the symmetry -x,-y,z and add one cell in X

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要素

#1: タンパク質 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE


分子量: 29745.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PABC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28305, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: 化合物 ChemComp-DCS / D-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-N,O-CYCLOSERYLAMIDE / D-PYRIDOXYL-N,O-CYCLOSERYLAMIDE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 333.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N3O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
解説: THE WATER MOLECULES HAVE BEEN ORDERED SO THAT THOSE THAT AGREE WITHIN 1.0 A OF WATER MOLECULES IN THE ADC LYASE 1.8 A STRUCTURE WITHOUT AN INHIBITOR ARE NUMBERED THE SAME. OTHER WATER ...解説: THE WATER MOLECULES HAVE BEEN ORDERED SO THAT THOSE THAT AGREE WITHIN 1.0 A OF WATER MOLECULES IN THE ADC LYASE 1.8 A STRUCTURE WITHOUT AN INHIBITOR ARE NUMBERED THE SAME. OTHER WATER MOLECULES ARE NUMBERED STARTING WITH 801.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M magnesium acetate, 0.1M HEPES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9879 / 波長: 0.9879 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98791
20.98791
反射解像度: 2.3→36 Å / Num. obs: 10442 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ADC LYASE

解像度: 2.3→36 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 542 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-9900 95.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2079 0 22 142 2243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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