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- PDB-1i2h: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PSD-ZIP45(HOMER1C/VESL-1L)CONSERVED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i2h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PSD-ZIP45(HOMER1C/VESL-1L)CONSERVED HOMER 1 DOMAIN
要素PSD-ZIP45(HOMER-1C/VESL-1L)
キーワードSIGNALING PROTEIN / ENABLED VASP HOMOLOGY 1 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled glutamate receptor binding / structural constituent of postsynapse / regulation of dendritic spine maintenance / regulation of store-operated calcium entry / Neurexins and neuroligins / regulation of calcium ion import / neuron spine / protein localization to synapse / costamere / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway ...G protein-coupled glutamate receptor binding / structural constituent of postsynapse / regulation of dendritic spine maintenance / regulation of store-operated calcium entry / Neurexins and neuroligins / regulation of calcium ion import / neuron spine / protein localization to synapse / costamere / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of calcium ion transport / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / excitatory synapse / skeletal muscle contraction / postsynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / skeletal muscle fiber development / behavioral response to cocaine / dendritic shaft / response to nicotine / response to cocaine / protein tetramerization / circadian rhythm / response to calcium ion / Z disc / apical part of cell / scaffold protein binding / molecular adaptor activity / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / signaling receptor binding / axon / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Homer, EVH1 domain / Homer family / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Homer protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Irie, K. / Nakatsu, T. / Mitsuoka, K. / Fujiyoshi, Y. / Kato, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of the Homer 1 Family Conserved Region Reveals the Interaction Between the EVH1 Domain and Own Proline-rich Motif
著者: Irie, K. / Nakatsu, T. / Mitsuoka, K. / Miyazawa, A. / Sobue, K. / Hiroaki, Y. / Doi, T. / Fujiyoshi, Y. / Kato, H.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: Isolation of PSD-Zip45, a Novel Homer/vesl Family Protein Containing Leucine Zipper Motifs, from Rat Brain.
著者: Sun, J. / Tadokoro, S. / Imanaka, T. / Murakami, S.D. / Nakamura, M. / Kashiwada, K. / Ko, J. / Nishida, W. / Sobue, K.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Involvement of unique leucine-zipper motif of PSD-Zip45 (Homer 1c/vesl-1L) in group 1 metabotropic glutamate receptor clustering.
著者: Tadokoro, S. / Tachibana, T. / Imanaka, T. / Nishida, W. / Sobue, K.
履歴
登録2001年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). IT IS UNCLEAR WHETHER THE BIOLOGICAL UNIT IS A MONOMER OR DIMER.
Remark 999SEQUENCE FIVE RESIDUES (GSPEF) INSERTED AT N-TERMINUS COME FROM PGEX-4T-1. The EcoRI and Xho I site ...SEQUENCE FIVE RESIDUES (GSPEF) INSERTED AT N-TERMINUS COME FROM PGEX-4T-1. The EcoRI and Xho I site of pGEX-4T-1 is used for cloning. The GST-fusion linker, GSPEF, is located after the thrombin cleavage site and before the EcoRI site. These fusion linker residues are numbered 996-1000.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSD-ZIP45(HOMER-1C/VESL-1L)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8241
ポリマ－18,8241
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.262, 71.153, 39.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-38-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PSD-ZIP45(HOMER-1C/VESL-1L)


分子量: 18823.729 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL CONSERVED HOMER 1 REGION (CH1 DOMAIN) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: PSD-ZIP45 / 器官: BRAIN / プラスミド: PGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z214
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
123 mg/mlprotein1drop
21.1 Msodium citrate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月1日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→200 Å / Num. all: 15030 / Num. obs: 14936 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.26 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 50784 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.268

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DDW

1ddw


解像度: 1.8→19.09 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 753 -RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.224 15009 --
obs0.223 14936 99.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1056 0 0 114 1170
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.885 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.27 94
Rwork0.24 -
obs-1758
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.09 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.224 / Rfactor obs: 0.195 / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0196
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.1684
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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