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万見
- PDB-1i1p: REFINEMENT INCLUDING EXPERIMENTAL MAD PHASES ALLOWS AN EXHAUSTIVE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1p
タイトルREFINEMENT INCLUDING EXPERIMENTAL MAD PHASES ALLOWS AN EXHAUSTIVE STUDY OF ORDERED SOLVENT MOLECULES FOR A PLATINATED DECANUCLEOTIDE
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / ANTITUMOR DRUG / CIS-DDP / INTERSTRAND CROSS-LINK / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / SPERMINE
機能・相同性Cisplatin / SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Coste, F. / Shepard, W. / Zelwer, C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Description of ordered solvent molecules in a platinated decanucleotide duplex refined at 1.6A resolution against experimental MAD phases.
著者: Coste, F. / Shepard, W. / Zelwer, C.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of a Double-Stranded DNA Containing A Cisplatin Interstrand Cross-Link At 1.63 Angstrom Resolution: Hydration At The Platinated Site
著者: Coste, F. / Malinge, J.M. / Serre, L. / Shepard, W. / Roth, M. / Leng, M. / Zelwer, C.
履歴
登録2001年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5934
ポリマ－6,0912
非ポリマー5022
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.890, 29.980, 46.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3'


分子量: 2931.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3159.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: sodium cacodylate, NaCl, KCl, spermine, MPD, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2NaCl11
3KCl11
4spermine11
5MPD11
6sodium cacodylate12
7NaCl12
8KCl12
9MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.0825 mMDNA molecule1drop
220 mMsodium cacodylate1droppH6.0
35 mM1dropNaCl
430 mM1dropKCl
52.5 mMspermine1drop
62 %(v/v)MPD1drop
72.5 %MPD1reservoir
81
91

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW21B / 波長: 1.0906,1.0718,1.0711,1.0301
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.09061
21.07181
31.07111
41.03011
反射解像度: 1.63→20 Å / Num. all: 7353 / Num. obs: 7333 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.63→20 Å / 立体化学のターゲット値: Hendrikson & Konnert
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.188 340 RANDOM
Rwork0.159 --
all-7353 -
obs-7322 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 15 135 554
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.1883 / Rfactor Rwork: 0.1585
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.026

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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