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- PDB-1i1b: CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN INTERLEUKIN-1BETA AT 2.0 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN INTERLEUKIN-1BETA AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素INTERLEUKIN-1 BETA
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process ...positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of tight junction disassembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of fever generation / positive regulation of neuroinflammatory response / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fever generation / CLEC7A/inflammasome pathway / regulation of establishment of endothelial barrier / Interleukin-1 processing / response to carbohydrate / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / response to ATP / Interleukin-10 signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of cell division / positive regulation of glial cell proliferation / Pyroptosis / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of MAPK cascade / JNK cascade / positive regulation of T cell proliferation / neutrophil chemotaxis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryo implantation / positive regulation of interleukin-2 production / astrocyte activation / regulation of insulin secretion / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / response to interleukin-1 / secretory granule / positive regulation of protein export from nucleus / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Finzel, B.C. / Watenpaugh, K.D. / Einspahr, H.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal structure of recombinant human interleukin-1 beta at 2.0 A resolution.
著者: Finzel, B.C. / Clancy, L.L. / Holland, D.R. / Muchmore, S.W. / Watenpaugh, K.D. / Einspahr, H.M.
#1: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct.,Genet. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of Purified Recombinant Human Interleukin-1Beta
著者: Carter, D.B. / Curry, K.A. / Tomich, C.-S.C. / Yem, A.W. / Deibel, M.R. / Tracey, D.E. / Paslay, J.W. / Carter, J.B. / Theriault, N.Y. / Harris, P.K.W. / Reardon, I.M. / Zurcher-Neely, H.A. / ...著者: Carter, D.B. / Curry, K.A. / Tomich, C.-S.C. / Yem, A.W. / Deibel, M.R. / Tracey, D.E. / Paslay, J.W. / Carter, J.B. / Theriault, N.Y. / Harris, P.K.W. / Reardon, I.M. / Zurcher-Neely, H.A. / Heinrikson, R.L. / Clancy, L.L. / Muchmore, S.W. / Watenpaugh, K.D. / Einspahr, H.M.
#2: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1988
タイトル: Crystallization of Recombinant Human Interleukin 1Beta
著者: Einspahr, H. / Clancy, L.L. / Muchmore, S.W. / Watenpaugh, K.D. / Harris, P.K.W. / Carter, D.B. / Curry, K.A. / Tomich, C.-S.C. / Yem, A.W. / Deibeljunior, M.R. / Tracey, D.E. / Pasley, J.W. ...著者: Einspahr, H. / Clancy, L.L. / Muchmore, S.W. / Watenpaugh, K.D. / Harris, P.K.W. / Carter, D.B. / Curry, K.A. / Tomich, C.-S.C. / Yem, A.W. / Deibeljunior, M.R. / Tracey, D.E. / Pasley, J.W. / Staite, N.D. / Carter, J.B. / Theriault, N.Y. / Reardon, I.M. / Zurcher-Neely, H.A. / Heinrikson, R.L.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1988
タイトル: Crystal Structure of the Cytokine Interleukin-1Beta
著者: Priestle, J.P. / Schaer, H.-P. / Gruetter, M.G.
履歴
登録1989年12月5日処理サイト: BNL
改定 1.01990年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET THE SHEET PRESENTED AS *BRL* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIX-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *BRL* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIX-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A SEVEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1 BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3961
ポリマ－17,3961
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.860, 54.860, 77.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Atom site foot note1: RESIDUE 91 IS A CIS PROLINE.
2: THE SIDE CHAIN ATOMS OF RESIDUES 93 AND 94 ARE DISORDERED AND ARE NOT INCLUDED IN THIS ENTRY.
3: THERE ARE TWO CONFORMATIONS PRESENTED IN THIS ENTRY FOR RESIDUES 63 - 65.

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 BETA


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: SK-HEP-1 HEMATOMA CELLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01584
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.2 Mammonium sulfate1reservoir
250 mMpipes1reservoir
31reservoir
41 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 12333 / % possible obs: 84 % / Num. measured all: 44483 / Rmerge(I) obs: 0.0423

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→20 Å /
Rfactor反射数
obs0.189 12318
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1211 0 0 83 1294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0470.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0420.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3181.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.2723
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.0532
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.2424
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.30.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.20.4
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2430.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2170.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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