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- PDB-1hzp: Crystal Structure of the Myobacterium Tuberculosis Beta-Ketoacyl-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzp
タイトルCrystal Structure of the Myobacterium Tuberculosis Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase III
要素3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III
キーワードTRANSFERASE / fatty acid biosynthesis / myobacterium tuberculosis / structural basis for substrate specificity / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / Mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Scarsdale, J.N. / Kazanina, G. / He, X. / Reynolds, K.A. / Wright, H.T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III
著者: Scarsdale, J.N. / Kazanina, G. / He, X. / Reynolds, K.A. / Wright, H.T.
履歴
登録2001年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III
B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,65210
ポリマ－69,8072
非ポリマー8458
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.082, 54.779, 89.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III / MT-FABH


分子量: 34903.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: P0A574, UniProt: P9WNG3*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: PEG4000, Tris/HCl. 300mM NaCl, glycerol, 10mM CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlenzyme1drop
250 mMTris-HCl1drop
3300 mM1dropNaCl
440 %glycerol1drop
52 mMdithiothreitol1drop
630 %PEG40001drop
7100 mMTris-HCl1drop
8300 mM1dropNaCl
910 mM1dropCaCl2
1017-26 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic Confocal optics
放射モノクロメーター: Osmic Confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→99 Å / Num. all: 37716 / Num. obs: 37503 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1860 / % possible all: 99
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
bioteXデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
bioteXデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: poly alanine chain based on residues 1-317 from E Coli FabH (RCSB entry 1EBL)

1ebl


解像度: 2.1→30.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 797513.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3560 10 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 35649 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.46 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5 Å20 Å2-0.38 Å2
2--8.31 Å20 Å2
3----0.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4743 0 56 258 5057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.452.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 583 10 %
Rwork0.281 5257 -
obs--97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMDAORYL.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DAORYL.PARAMGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.452
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.452.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.319 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.281 / Rfactor obs: 0.281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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