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- PDB-1hxc: CRYSTAL STRUCTURE OF TEAS C440W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hxc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TEAS C440W
要素5-EPI-ARISTOLOCHENE SYNTHASE
キーワードLYASE / ISOPRENOID SYNTHASE / ISOPRENOID CYCLASE / 5-EPI-ARISTOLOCHENE SYNTHASE / ISOPRENOID BIOSYNTHESIS / NATURAL PRODUCTS BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FHP / 5-epi-aristolochene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Starks, C.S. / Rising, K.A. / Chappell, J. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Single Active Site Mutations Change the Specificity of a Sesquiterpene Cyclase
著者: Starks, C.S. / Rising, K.A. / Chappell, J. / Noel, J.P.
履歴
登録2001年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-EPI-ARISTOLOCHENE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4292
ポリマ－63,1261
非ポリマー3021
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.125, 126.125, 120.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 5-EPI-ARISTOLOCHENE SYNTHASE / TEAS


分子量: 63126.492 Da / 分子数: 1 / 変異: C440W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / プラスミド: PET28B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, EC: 4.1.99.7
#2: 化合物 ChemComp-FHP / 1-HYDROXY-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENE PHOSPHONIC ACID / FARNESYL HYDROXYPHOSPHONATE


分子量: 302.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H27O4P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 15% PEG 8000, 200 MM MG(OAC)2, 100 MM MOPSO, 1MM DTT, 1.0 MM 1-HYDROXYFARNESYL PHOSPHONATE , pH 6.9 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.9 Å / Num. obs: 44489 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.24→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1676 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 72.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.25→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3002460.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1996 4.7 %RANDOM
Rwork0.278 ---
obs0.278 42723 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.45 Å2 / ksol: 0.3674 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.71 Å20 Å20 Å2
2---11.71 Å20 Å2
3---23.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4192 0 20 51 4263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.012.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 261 4.9 %
Rwork0.391 5103 -
obs--70.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.HPHTOPPAR.HPH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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