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- PDB-1hv4: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF BAR-HEAD GOOSE HEMOGLOBIN (DEOXY FORM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hv4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF BAR-HEAD GOOSE HEMOGLOBIN (DEOXY FORM)
要素
  • HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
  • HEMOGLOBIN BETA CHAIN
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / ALLOSTERIC MECHANISM / OXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha-A / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Anser indicus (インドガン)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liang, Y. / Hua, Z. / Liang, X. / Xu, Q. / Lu, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of bar-headed goose hemoglobin in deoxy form: the allosteric mechanism of a hemoglobin species with high oxygen affinity.
著者: Liang, Y. / Hua, Z. / Liang, X. / Xu, Q. / Lu, G.
履歴
登録2001年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
C: HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
D: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
E: HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
F: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
G: HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
H: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,63416
ポリマ－126,7028
非ポリマー4,9328
水00
1
A: HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
C: HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
D: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8178
ポリマ－63,3514
非ポリマー2,4664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area23400 Å2
手法PISA
2
E: HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
F: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
G: HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN
H: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8178
ポリマ－63,3514
非ポリマー2,4664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.660, 94.100, 59.230
Angle α, β, γ (deg.)71.55, 65.10, 83.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
HEMOGLOBIN ALPHA-A CHAIN


分子量: 15361.679 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Anser indicus (インドガン) / Cell: ERYTHROCYTES / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P01990
#2: タンパク質
HEMOGLOBIN BETA CHAIN


分子量: 16313.866 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Anser indicus (インドガン) / Cell: ERYTHROCYTES / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P02118
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 6000, potassium phosphate , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 mg/mlprotein1drop
25 %(w/v)PEG60001drop
330 %PEG60001reservoir
450 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS X200 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→36.89 Å / Num. all: 45509 / Num. obs: 30654 / % possible obs: 67.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.57→2.73 Å / 冗長度: 1.14 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1779 / % possible all: 24
反射
*PLUS
Num. measured all: 57884 / Rmerge(I) obs: 0.0541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
IPCデータ削減
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A4F

1a4f


解像度: 2.8→36.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 63263.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2752 10.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.229 32306 --
obs0.197 27148 84 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.63 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å21.41 Å2-2.33 Å2
2---5.21 Å2-0.53 Å2
3---6.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8944 0 344 0 9288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.25
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 389 10.6 %
Rwork0.285 3268 -
obs-3657 68 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEME-USETOPH19X.HEME-USE
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.25
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.329 / % reflection Rfree: 10.6 % / Rfactor Rwork: 0.285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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