ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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X-PLOR | | モデル構築 | CNS | 1 | 精密化 | IPC | | データ削減 | X-GEN | | データスケーリング | X-PLOR | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A4F 解像度: 2.8→36.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 63263.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.243 | 2752 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.197 | - | - | - |
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all | 0.229 | 32306 | - | - |
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obs | 0.197 | 27148 | 84 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.63 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.95 Å2 | 1.41 Å2 | -2.33 Å2 |
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2- | - | -5.21 Å2 | -0.53 Å2 |
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3- | - | - | 6.16 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.38 Å | 0.3 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.55 Å | 0.44 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.89 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 8944 | 0 | 344 | 0 | 9288 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.014 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d19.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.25 | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.329 | 389 | 10.6 % |
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Rwork | 0.285 | 3268 | - |
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obs | - | 3657 | 68 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | PARAM19X.HEME-USE | TOPH19X.HEME-USE | X-RAY DIFFRACTION | 3 | PARAM19.SOLTOPH19.SOL | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.7 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg19.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.25 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.329 / % reflection Rfree: 10.6 % / Rfactor Rwork: 0.285 |
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