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- PDB-1huu: DNA-BINDING PROTEIN HU FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1huu
タイトルDNA-BINDING PROTEIN HU FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS
要素PROTEIN HU
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / DNA SUPERCOILING / ALPHA/BETA CLASS / MINOR GROOVE BINDER
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein HU / DNA-binding protein HU
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT PLUS ANOMALOUS (URANYL), NCS AVERAGING ON THREE MOLECULES / 解像度: 2 Å
データ登録者White, S.W. / Tanaka, I. / Appelt, K. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1989
タイトル: A protein structural motif that bends DNA.
著者: White, S.W. / Appelt, K. / Wilson, K.S. / Tanaka, I.
履歴
登録1998年7月6日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN HU
B: PROTEIN HU
C: PROTEIN HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2003
ポリマ－29,2003
非ポリマー00
水4,882271
1
A: PROTEIN HU

A: PROTEIN HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4662
ポリマ－19,4662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3560 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA, PQS
2
B: PROTEIN HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7331
ポリマ－9,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROTEIN HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7331
ポリマ－9,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: PROTEIN HU

B: PROTEIN HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4662
ポリマ－19,4662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
5
C: PROTEIN HU

C: PROTEIN HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4662
ポリマ－19,4662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.500, 37.300, 65.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.50, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.116, -0.0006, 0.9933), (0.0023, 1, 0.0003), (-0.9933, 0.0022, 0.116)19.1822, 12.4329, 29.76
2given(0.9402, -0.0016, -0.3406), (0.0008, 1, -0.0024), (0.3406, 0.0019, 0.9402)42.0819, 12.1478, 6.3987
3given(-0.2293, 0.0001, -0.9734), (0.001, 1, -0.0001), (0.9734, -0.001, -0.2293)25.8591, -0.3501, 20.0352
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONSISTS OF THREE HU MONOMERS ARRANGED AROUND THREE OF THE FOUR TWOFOLD AXES IN THE P2 SPACE GROUP. BIOLOGICALLY RELEVANT DIMERS ARE GENERATED BY THE SYMMETRY OPERATIONS OF THE UNIT CELL. THE SOLVENT MOLECULES ARE LABELED ACCORDING TO THE MONOMER WITH WHICH THEY ASSOCIATE. WATER MOLECULES 100 THROUGH 135 ARE COMMON TO ALL THREE MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT AND CAN BE CONSIDERED STRUCTURAL. WATER MOLECULES 200 AND HIGHER ARE NOT COMMON TO ALL THREE MOLECULES.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN HU / BSB / NS


分子量: 9733.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P02346, UniProt: P0A3H0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PROTEIN HU BINDS DNA NON-SPECIFICALLY AND INTRODUCES SHARP BENDS. THE PROTEIN APPEARS TO INDUCE DNA ...PROTEIN HU BINDS DNA NON-SPECIFICALLY AND INTRODUCES SHARP BENDS. THE PROTEIN APPEARS TO INDUCE DNA NEGATIVE SUPERCOILING BY PROTEIN-PROTEIN INTERACTION. BIOLOGICAL ROLE IS TO INDUCE DNA SUPERCOILING AND RELIEVE TORSIONAL STRESS RESULTING FROM DNA PROCESSES SUCH AS TRANSCRIPTION AND REPLICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 9 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein11
225 mMphosphate11
335 %MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: FILM / 検出器: FILM / 日付: 1983年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→10 Å / Num. obs: 18328 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2→2.19 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.1 / % possible all: 80
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT PLUS ANOMALOUS (URANYL), NCS AVERAGING ON THREE MOLECULES
解像度: 2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE MOLECULE CONTAINS A DISORDERED ARM REGION THAT IS KNOWN TO BIND DNA IN THE MINOR GROOVE FROM THE RELATED IHF STRUCTURE. EACH OF THE THREE MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT IS MISSING ...詳細: THE MOLECULE CONTAINS A DISORDERED ARM REGION THAT IS KNOWN TO BIND DNA IN THE MINOR GROOVE FROM THE RELATED IHF STRUCTURE. EACH OF THE THREE MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT IS MISSING DIFFERENT AMOUNTS OF THE ARM DUE TO THE LACK OF ELECTRON DENSITY. MOLECULE A IS MISSING 59 THROUGH 68, MOLECULE B 57 THROUGH 72, AND MOLECULE C 56 THROUGH 74.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 333 10 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 17251 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1700 0 0 271 1971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 55 12 %
Rwork0.289 1743 -
obs--80 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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