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万見
- PDB-1hu3: MIDDLE DOMAIN OF HUMAN EIF4GII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hu3
タイトルMIDDLE DOMAIN OF HUMAN EIF4GII
要素EIF4GII
キーワードTRANSLATION / eIF4G / HEAT repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / ISG15 antiviral mechanism / mRNA binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 3 / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. ...Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 3 / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Marcotrigiano, J. / Lomakin, I. / Pestova, T.V. / Hellen, C.U.T. / Sonenberg, N. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: A conserved HEAT domain within eIF4G directs assembly of the translation initiation machinery.
著者: Marcotrigiano, J. / Lomakin, I.B. / Sonenberg, N. / Pestova, T.V. / Hellen, C.U. / Burley, S.K.
履歴
登録2001年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EIF4GII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8261
ポリマ－30,8261
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.8, 118.8, 58.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 EIF4GII / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII


分子量: 30826.410 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 745-1003 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43432
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M acetate (4.6), 0.1M ammonium acetate, 20-22% PEG4000, and 5mM tris(carboxyethyl)phosphine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Macetate1reservoir
20.1 Mammonium acetate1reservoir
320-22 %(w/v)PEG40001reservoir
45 mMtris(carboxyethyl)phospine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→20 Å / Num. all: 170724 / Num. obs: 12425 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / % possible all: 85
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 170724
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.37→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 2181 10 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs-24808 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1589 0 0 69 1658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.39 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.328 38
Rwork0.317 287
obs-1022
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.239
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.328 / Rfactor Rwork: 0.317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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