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万見
- PDB-1hsb: DIFFERENT LENGTH PEPTIDES BIND TO HLA-AW68 SIMILARLY AT THEIR END... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hsb
タイトルDIFFERENT LENGTH PEPTIDES BIND TO HLA-AW68 SIMILARLY AT THEIR ENDS BUT BULGE OUT IN THE MIDDLE
要素
  • BOUND PEPTIDE FRAGMENT
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein binding / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / ARGININE / MHC class I antigen / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Guo, H.-C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Different length peptides bind to HLA-Aw68 similarly at their ends but bulge out in the middle.
著者: Guo, H.C. / Jardetzky, T.S. / Garrett, T.P. / Lane, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Comparison of a Specificity Pocket in Three Human Histocompatibility Antigens: Hla-Aw68, Hla-A2 and Hla-B27
著者: Guo, H.-C. / Madden, D.R. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Different Length Peptides Bind to Hla-Aw68 Similarly at Their Ends But Bulge Out in the Middle
著者: Guo, H.-C. / Jardetzky, T.S. / Garrett, T.P.J. / Lane, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Atomic Structure of a Human Mhc Molecule Presenting an Influenza Virus Peptide
著者: Silver, M.L. / Guo, H.-C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#4: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Hla-B27 at 2.1 Angstroms Resolution Suggests a General Mechanism for Tight Peptide Binding to Mhc
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Structure of the Human Histocompatibility Antigen Hla-A2 at 2.6 Angstroms Resolution
著者: Saper, M.A. / Bjorkman, P.J. / Wiley, D.C.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: The Structure of Hla-B27 Reveals Nonamer Self-Peptides Bound in an Extended Conformation
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Specificity Pockets for the Side Chains of Peptide Antigens in Hla-Aw68
著者: Garrett, T.P.J. / Saper, M.A. / Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Structure of the Human Class I Histocompatibility Antigen, Hla-A2
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#9: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: The Foreign Antigen Binding Site and T Cell Recognition Regions of Class I Histocompatibility Antigens
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies on the Histocompatibility Antigens Hla-A2 and Hla-A28 from Human Cell Membranes
著者: Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録1993年3月30日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET SHEETS 2 AND 4 EACH HAVE ONE STRAND THAT IS BIFURCATED. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE ...SHEET SHEETS 2 AND 4 EACH HAVE ONE STRAND THAT IS BIFURCATED. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE SHEETS TWICE (DESIGNATED SHEETS SB1, SB2 AND SD1, SD2 RESPECTIVELY) WHERE THE TWO REPRESENTATIONS DIFFER IN THEIR LAST STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: BOUND PEPTIDE FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4235
ポリマ－43,1593
非ポリマー2642
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.430, 78.469, 111.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: SIDE CHAIN ATOMS OF GLU A 58, GLU A 89, ASP A 106, ARG A 108, GLN A 115, GLU A 128, HIS A 151, ASP A 196, GLN A 255, ASP B 34, GLU B 36, LYS B 41, GLU B 44, GLU B 47, LYS B 48, LYS B 58, GLU B 69, ...1: SIDE CHAIN ATOMS OF GLU A 58, GLU A 89, ASP A 106, ARG A 108, GLN A 115, GLU A 128, HIS A 151, ASP A 196, GLN A 255, ASP B 34, GLU B 36, LYS B 41, GLU B 44, GLU B 47, LYS B 48, LYS B 58, GLU B 69, LYS B 75, GLU B 77, ASN B 83, GLN B 89, AND LYS B 94 ARE DISORDERED AND HAVE OCCUPANCIES EQUAL TO 0.01 IN THIS ENTRY.
2: RESIDUES PRO A 210 AND PRO B 32 ARE CIS PROLINES.
3: LYS A 268, PRO A 269, AND LEU A 270 ARE DISORDERED, AND HAVE OCCUPANCIES EQUAL TO 0.01 IN THIS ENTRY.
4: THESE SOLVENT MOLECULES ARE LOCATED WITHIN THE PEPTIDE-BINDING SITE OF HLA-AW68.
詳細THERE IS ONE COMPLEX PER ASYMMETRIC UNIT, WHICH COMPOSED OF FOUR POLYPEPTIDE CHAINS: HLA HEAVY CHAIN IDENTIFIED AS CHAIN *A* IN THIS ENTRY, BETA-2-MICROGLOBULIN IDENTIFIED AS CHAIN *B*, A MODEL OF BOUND N-TERMINAL TRI-PEPTIDE IDENTIFIED AS CHAIN *C*, A MODEL OF BOUND C-TERMINAL DI-PEPTIDE REPORTED AS RESIDUES 1001 AND 1002 IN THE ENTRY.

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31151.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A6YT91, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド BOUND PEPTIDE FRAGMENT


分子量: 259.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

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非ポリマー , 3種, 272分子

#4: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#5: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER ...SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER (PROGRAM *DSSP*). THE FRAGMENT CRYSTALLIZED WAS THE EXTRACELLULAR PORTION OF THE PROTEIN CLEAVED FROM THE CELL MEMBRANE WITH PAPAIN. THE FINAL MODEL REPORTED IN THE PAPER CITED ON JRNL RECORDS ABOVE INCLUDED A MODEL OF N-TERMINAL PART OF BOUND PEPTIDES WITH SEQUENCE AVA, AND A MODEL OF C-TERMINAL PART OF BOUND PEPTIDES WITH SEQUENCE AR.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE RESIDUES 1001 AND 1002 REPRESENT THE BOUND, C-TERMINAL DIPEPTIDE (ALA-ARG)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.06 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 186.205-210 1985 / PH range low: 6.5 / PH range high: 6.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
225 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid1dropcan be replaced with 100mM imidazole
315 %(w/v)PEG60001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.22 / Rfactor obs: 0.22 / 最高解像度: 1.9 Å
詳細: LYS A 268, PRO A 269, AND LEU A 270 ARE DISORDERED, AND HAVE OCCUPANCIES EQUAL TO 0.01 IN THIS ENTRY
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 17 270 3327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 5.5 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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