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万見
- PDB-1hrt: THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hrt
タイトルTHE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINANT HIRUDIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • HIRUDIN
  • THROMBIN (LARGE SUBUNIT)
  • THROMBIN (SMALL SUBUNIT)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type peptidase activity / fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / platelet activation / : / toxin activity ...negative regulation of serine-type peptidase activity / fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / platelet activation / : / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I / Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I / Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : ...Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I / Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I / Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Distorted Sandwich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prothrombin / Hirudin variant-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vitali, J. / Edwards, B.F.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: The structure of a complex of bovine alpha-thrombin and recombinant hirudin at 2.8-A resolution.
著者: Vitali, J. / Martin, P.D. / Malkowski, M.G. / Robertson, W.D. / Lazar, J.B. / Winant, R.C. / Johnson, P.H. / Edwards, B.F.
履歴
登録1993年2月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: THROMBIN (SMALL SUBUNIT)
H: THROMBIN (LARGE SUBUNIT)
I: HIRUDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4813
ポリマ－42,4813
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.110, 102.620, 143.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO H 37

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要素

#1: タンパク質・ペプチド THROMBIN (SMALL SUBUNIT)


分子量: 5735.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#2: タンパク質 THROMBIN (LARGE SUBUNIT)


分子量: 29772.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#3: タンパク質 HIRUDIN


分子量: 6973.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P01050
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN INDICATOR *L* IS USED FOR RESIDUES 1H - 15 ...THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN INDICATOR *L* IS USED FOR RESIDUES 1H - 15 AND CHAIN INDICATOR *H* IS USED FOR RESIDUES 16 - 247. CHAIN INDICATOR *I* IS USED FOR HIRUDIN. THE COMPLEX CONSISTS OF ONE MOLECULE OF ALPHA-THROMBIN AND ONE MOLECULE OF HIRUDIN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
129 %PEG40001reservoir
2250 mMsodium phosphate1reservoir
394 mM1reservoirNaCl
40.005 %1reservoirNaN3
57 mg/mlthrombin-hirudin1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 7688 / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 19008 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 13 %

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→7 Å / σ(F): 0
詳細: SUBSEQUENT TO PUBLICATION, ADDITIONAL REFINEMENT WAS CARRIED OUT WITH PROFFT USING DAMPING FACTORS OF 0.7 FOR BOTH POSITIONAL AND THERMAL PARAMETERS. THE USE OF THIS DAMPING FACTOR COMPARED ...詳細: SUBSEQUENT TO PUBLICATION, ADDITIONAL REFINEMENT WAS CARRIED OUT WITH PROFFT USING DAMPING FACTORS OF 0.7 FOR BOTH POSITIONAL AND THERMAL PARAMETERS. THE USE OF THIS DAMPING FACTOR COMPARED TO THE FULL SHIFTS APPLIED EARLIER REDUCED THE R VALUE FROM 0.161 REPORTED IN THE PAPER TO 0.155. THIS ENTRY CONTAINS THE REVISED COORDINATES. THESE COORDINATES GIVE THE SAME DISTANCES (WITHIN 0.2 ANGSTROMS) AS THOSE DISCUSSED IN THE PAPER.
Rfactor反射数
obs0.155 6958
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2867 0 0 129 2996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.041
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.148
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.22
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.33
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.35
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.7
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor29.9
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection all: 6958 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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