PDB-1hrl: STRUCTURE OF A PARALYTIC PEPTIDE FROM AN INSECT, MANDUCA SEXTA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hrl

タイトル

STRUCTURE OF A PARALYTIC PEPTIDE FROM AN INSECT, MANDUCA SEXTA

要素

PARALYTIC PEPTIDE I

キーワード

TOXIN / paralytic peptide / plasmatocyte spreading peptide / ENF family

機能・相同性

Paralytic/GBP/PSP peptide / Paralytic/GBP/PSP peptide / cytokine activity / extracellular space / Paralytic peptide 1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Yu, X.-Q. / Prakash, O. / Kanost, M.R.

引用

ジャーナル: J.Pept.Res. / 年: 1999
タイトル: Structure of a paralytic peptide from an insect, Manduca sexta.
著者: Yu, X.Q. / Prakash, O. / Kanost, M.R.

履歴

登録	2000年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年12月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hrl.cif.gz	65.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hrl.ent.gz	44.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hrl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hrl_validation.pdf.gz	341.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hrl_full_validation.pdf.gz	403.7 KB	表示
XML形式データ	1hrl_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	1hrl_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/1hrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/1hrl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PARALYTIC PEPTIDE I

2.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #7	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	PARALYTIC PEPTIDE I / PP I 分子量: 2438.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in the tobacco hornworm, Manduca sexta 参照: UniProt: P30253
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: The structures were determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: 3 mM in 90% H2O, 10% D2O at pH 4.3 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 4.3 / 圧: ambient / 温度: 283 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: Brunger, A.T. / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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