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- PDB-1hq7: CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF A DODECAMER B-DNA D-(GCAAACGTTTGC)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hq7
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF A DODECAMER B-DNA D-(GCAAACGTTTGC)2
要素5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
キーワードDNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, S. / Berman, H.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Signatures of protein-DNA recognition in free DNA binding sites.
著者: Locasale, J.W. / Napoli, A.A. / Chen, S. / Berman, H.M. / Lawson, C.L.
履歴
登録2000年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3252
ポリマ－7,3252
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.638, 39.638, 98.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-67-

HOH

21B-70-

HOH

詳細The biological assembly is a DNA duplex

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid-phase DNA synthesis
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MPD, magnesium acetate, sodium cacodylate, spermine tetrahydrochloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2magnesium acetate11
3sodium cacodylate11
4spermine tetrahydrochloride11
5MPD12
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID詳細
11 mMspermine tetrahydrochloride1
230 %MPD1
340 mMmagnesium acetate1
450 mMsodium cacodylate1pH6.0
51

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11081
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C11.0722
回転陽極OTHER21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 4r1CCD2000年6月7日mirrors
ADSC QUANTUM 12CCD2000年8月21日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1parabolic collimating mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2parabolic collimating mirrorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07221
21.54181
反射解像度: 2.1→13 Å / Num. all: 5576 / Num. obs: 54956 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 4 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Num. unique all: 269 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 13 Å / Num. obs: 5576 / Num. measured all: 54956

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 466472.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 518 9.8 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 5310 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.74 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.59 Å2-13.62 Å20 Å2
2---2.59 Å20 Å2
3---5.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 0 100 586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.88
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 84 10.5 %
Rwork0.318 717 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.07
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg0.171
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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